1958年春季，我国龙溪专员公署着手筹办师范大专班。同年5月，以龙溪师范专科学校名义，首次招收中文科1个班，依附于龙溪师范学校，学制为2年。秋季继续招收中文、物理、数学3个班，学制均为1年。校舍、师资、设备、经费均依赖龙溪师范专科学校，教材采用高校课本进行压缩改编。同年，中共龙溪地委和龙溪专员公署成立综合性的漳州大学，由地委书记洪椰子兼任校长，委派张方为专职副校长。9月，经中共龙溪地委研究决定，在师范大专班的基础上成立漳州大学师范学院。
1959年春季，经龙溪地委报请省教育厅核准，在原漳州大学师范学院的基础上建立漳州师范专科学校。该校在今芗城区蝴蝶山新建校舍，先后设有中文、外语（英语、俄语）、政教、物理、化学等6个科，以培养初中教师为目标，1959年纳入全省高等学校招生计划。
师专学制原为2年，后提前至1年毕业。从创办至1963年，共培养初中教师1181名。
1963年7月，经国务院批准，由漳州师范专科学校、厦门师范学院、泉州师范学院、南平师范学院合并建立福建第二师范学院，由张立担任院长兼党委书记，与当时的福建师范学院形成福建省本科师范教育南北呼应的格局。除4校未毕业学生575名并入续学外，新招4年制本科学生158名。
福建第二师范学院设中文、数学、英语3个系。初办时学生分散于漳州、厦门上课，次年集中到漳州。1965年秋季招生后学生人数达973名（含“社来社去”教学班），教职工339名（其中教学人员179名）。在“文化大革命”期间，学生停课闹“革命”。1972年，二师院撤销，设备、财产划拨其他单位，校舍移作他用。二师院从创办至撤销共有毕业生1340名。
1978年，龙溪行署创办中学师资训练班，后改为师范大专班，由地区教育干部培训班承办，从当年高考考生中录取381名入学。师范大专班设中文、英语、政教、数学、物理、化学、体育等7科，学制原为2年，后提前1年毕业。
第二年，师范大专班改由龙溪师范学校承办。1980年，龙溪行署决定以师范大专班为基础创办漳州师范专科学校，经两年筹备，于1982年秋季开学并迁入新校舍（与漳州二中相邻），学制3年。1983年6月，创办漳州师范专科学校得到福建省人民政府正式批准。
1985年，漳州师专升格为漳州师范学院。
1986年6月，经国家教育委员会批准正式复办福建第二师范学院，并更名为漳州师范学院，规模定为学生3000人。方毅副总理为学校题写校名，与福建师范大学形成福建省“一南一北”的本科教师教育格局。为适应中学教育发展需求，漳州师范学院招收4年制本科生和3年制专科生，设中文、数学、英语、物理、化学等系、科。
1992年学校获得学士学位授予权。2000年学校顺利通过国家教育部首批师范院校本科教学工作合格评估。2003年顺利通过国务院学位委员会第九次新增硕士学位授予单位整体条件评估，获得硕士学位授予权，中国古代文学、基础数学两个学科专业新增为硕士学位授予点。2004年，学校与漳州市建立科技合作关系，2005年，学校本科学位与四级英语脱钩。2007年，学校广播电视新闻学专业的传媒技术中心成为福建省的第一个传媒技术类的省级实验教学示范中心，编辑出版学专业成为省内第一个编辑专业，同年被列为福建省重点建设高校。2008年以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。
2009年以唯一一所两轮满票的成绩通过全国教育硕士专业学位教育指导委员会的专家评审，获教育硕士授予权，同年被授予首批“福建省高校毕业生创业培训基地”。12月16日，学校与永安市正式签订协议共建附属中学。
2012年初，全国30所大学获得服务国家特殊需求博士点，学校获闽南文化与两岸交流研究人才培养项目。6月，学校与漳州市人民政府共建闽南文化研究院，与台湾金门大学、台湾成功大学人文社会科学中心建立合作关系，与全国台联共建全国台联海峡两岸闽南文化研习交流基地。同年与芗城区人民政府共建附属小学，被选为教育部“国培计划（2012）年度--示范性集中培训项目”承办院校，并获准开展同等学力人员申请硕士学位工作及本科专业招收港澳台地区学生。2012年11月11日，学校与漳浦县人民政府联合创办的漳浦石化学院在漳浦县金浦教育园区奠基。2013年2月25日，学校与东山县人民政府正式签约合作共建东山旅游学院。
同年4月，教育部复函福建省人民政府，同意漳州师范学院更名为闽南师范大学。
截至2014年3月，学校设有闽南师范大学数学与统计学院、闽南师范大学外国语学院、闽南师范大学法学院、闽南师范大学文学院、闽南师范大学物理与信息工程学院、闽南师范大学化学与环境学院、闽南师范大学计算机学院、闽南师范大学历史与社会发展学院、闽南师范大学教育科学学院、闽南师范大学体育学院、闽南师范大学经济学院、闽南师范大学生物科学与技术学院、闽南师范大学管理学院、闽南师范大学艺术学院、闽南师范大学新闻传播学院、闽南师范大学继续教育学院、闽南师范大学马克思主义学院、闽南师范大学海外教育学院、闽南师范大学教师教育学院、闽南师范大学漳浦石化学院（筹）、闽南文化研究院等21个二级学院。
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