滁州学院的前身可追溯至1950年成立的滁州师范学校（原滁县师范学校）。1950年4月，皖北行署决定筹备“皖北滁州师范学校”，并于同年9月正式招生，首期计划招生100人。滁县专区对新成立的滁州师范学校招生工作高度重视，经过各县预考推荐，选出110人参加滁县的复考，但最终仅有43人通过复试。由于招生人数不足，学校又从其他持有初中毕业证书的学生中选拔了一批新生，两次招生共计87人。
由于学生文化程度不一，学校开设了中师班和初师班两个层次。在学生就读期间，部分学生参加了招工考试和参军入伍，到1953年首届学生毕业时，仅剩下56人。
1951年暑期，学校迁至定远炉桥办学，并开设了师资轮训班。1952年初，学校迁回滁县园艺场（现滁州学院北校区）。
经过三年的经济恢复，到了1954年，我国经济条件有了显著改善，社会环境也趋于稳定，人们对师范教育的认识发生了很大变化，报考师范学校的人数增多，招生工作逐步走向正常化、规范化和制度化。但在“文革”期间（1966年至1969年），学校暂停招生。1970年秋季恢复招生，连续招收了两届一年制的师范类速成班学生。1973年开始恢复考试入学，学制为两年。
1977年11月11日，经安徽省革命委员会批准，成立了“安徽师范大学滁县教学点”，次年更名为“安徽师范大学滁州分校”。1977年，滁州师范学校设立的安徽师范大学滁县教学点开始招生，首次招收中文、数学两个本科专业的学生共204人，这批学生于1978年春季入学。1980年5月，学校更名为滁州师范专科学校，1981年8月，经国务院批准，正式命名为“安徽滁州师范专科学校”。
2001年3月9日，滁州市政府召开滁州师专扩建工作协调会，5月30日初步决定征用正大饲料厂北侧土地建设新校区。6月12日，校党委决定成立滁州师专南校区建设指挥部，负责新校区征地、贷款、规划、基建、开发等具体工作。7月28日，合肥工业大学设计研究所完成了新校区的平面规划设计。
2001年4月4日，安徽省教育厅原则同意滁州师专新校区规划，要求加快新校区建设，确保2005年新校区在校生规模达到6000人。5月19日，南校区食堂、学生宿舍设计方案评标会召开，合工大设计院、省建工学院和市水利设计院的设计方案分别中标。6月28日，南校区建设正式动工；8月12日，教学楼正式破土动工。随后，两幢学生宿舍楼、食堂、环境绿化、图书馆等工程也相继开标动工。2002年8月27日，南校区首期工程竣工启用，2540名学生正式入住。
在“十五”期间，学校北校区的理化楼、艺术楼、7号学生公寓相继建成并投入使用。此外，南校区与教学大楼遥相对应的实验楼、图书馆、风雨操场也在2005年建成并投入使用。2004年5月，学校经国家教育部批准升格为省属全日制普通本科院校。
滁州学院首批开设了6个本科专业，当年首次招收了500名本科生。2005年，学校新增6个本科专业，其中部分专业首次面向新疆、江苏等省区招生，这也是滁州学院建校以来首次面向全国招生。
学校主要院系包括文学与传媒学院、数学科学学院、机械与电子工程学院等。
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