1959年，由九江工业专科学校、九江师范专科学校、九江医学专科学校合并，成立了如今的九江学院。
九江工业专科学校的前身是1871年濂溪书院创建的学府，1902年更名为九江中学堂，后续历经多次更名，1914年称为江西省立第三中学，1927年改为江西省立九江中学，同年又更名为江西省立第四中学，1933年称为江西省立九江乡村师范，1941年恢复为江西省立九江中学，1952年改为江西省九江第一中学，1955年更名为江西省九江第一高级中学，1958年晋升为九江工业专科学校。
1901年，但福德医院附设护士学校成立，1951年江西省第三医士学校成立，1952年这两所学校合并，成立了江西省九江市卫生学校，1955年更名为江西省九江医士学校，1958年晋升为九江医学专科学校。
九江师范专科学校的历史可追溯至1927年江西省立九江中学（女子部）改建的九江女子师范学校，1950年更名为九江师范学校，1958年升格为九江师范专科学校。1962年，九江大学（部分）分建九江师范学校，1976年改建为江西师范学院（九江分院），1978年再次分建为九江师范专科学校。2001年，九江医学专科学校与九江财经高等专科学校、九江师范专科学校、九江教育学院联合，组建了九江学院，即现今的九江学院庐峰校区。
九江财经高等专科学校成立于1981年，原为解放军总后勤部批准创建的解放军企业干部学校，旨在为军队企业化工厂培训干部。1983年更名为中国人民解放军企业管理学校，1994年升格为九江财经高等专科学校。1985年，九江教育学院成立，即现在的九江学院继续教育学院。
2004年，九江市第二人民医院并入九江学院；2007年11月28日下午15:00，景德镇市第一人民医院正式挂牌为九江学院附属景德镇医院；2009年5月5日，九江学院附属医院共青城分院在共青城人民医院举行挂牌仪式。
以下是九江学院二级院系的详细列表：
01 九江学院商学院 02 九江学院政法学院 03 九江学院文学与传媒学院
04 九江学院理学院 05 九江学院化学化工学院 06 九江学院机械与材料工程学院
07 九江学院护理学院 08 九江学院土木工程与城市建设学院 09 九江学院基础医学院
10 九江学院旅游学院 11 九江学院继续教育学院 12 九江学院艺术学院
13 九江学院体育学院 14 九江学院信息科学与技术学院 15 九江学院临床医学院
16 九江学院师范学院 17 九江学院外国语学院 18 九江学院电子工程学院
19 九江学院会计学院 20 九江学院药学与生命科学学院 21 九江学院国际交流学院
以下是九江学院的直属机构列表：
01 九江学院附属中学（浔阳） 02 九江学院附属医院 03 九江学院校医院。
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