追溯至1904年（清光绪三十年）9月20日，辽宁营口见证了瀛华实学院的创立，由日本人设立。
紧接着，1905年5月5日，日本人在同一地区又创办了商业学堂。
到了1906年12月11日，清政府将这两所学校合并，正式命名为营口商业学堂。
1907年，营口商业学堂升级为营口高等商业学校，随后迁移至奉天（现辽宁沈阳），并更名为奉天中等商业学校。
1912年8月30日，奉天中等商业学校正式定名为奉天省立商业学校。
1946年，学校被辽宁省立沈阳商科职业学校接收。
1948年11月，中国共产党东北行政委员会商业部接管该校，更名为商业专门学校，这标志着东北财经大学的历史前身。
1952年，东北财经学院在沈阳成立。
1953年，东北商业专门学校和东北合作专门学校并入东北财经学院。
1958年，东北财经学院与沈阳师范学院、沈阳俄语专科学校合并，共同组建了辽宁大学。
1959年8月，辽宁省委决定将原东北财经学院的部分专业系，即财政系和计统系，调整出来，与辽宁商学院合并，成立了辽宁财经学院，校址位于辽宁省大连市。
1979年，辽宁财经学院划归国家财政部领导。
1985年10月15日，辽宁财经学院更名为东北财经大学，新校名由时任中共中央总书记胡耀邦同志题写。
1997年3月，国家财政部、辽宁省政府、大连市政府共同签署共建东北财经大学的协议。
2000年，东北财经大学由财政部划归辽宁省人民政府管理，实行中央与地方共建、以辽宁省管理为主的管理体制。
2012年4月27日，财政部、教育部、辽宁省人民政府签署共建协议，学校成为两部一省共建高校。
2012年9月28日，东北财经大学庆祝建校60周年。
截至2014年3月，东北财经大学设有财政税务学院、法学院、工商管理学院、公共管理学院、管理科学与工程学院、国际经济贸易学院、国际商务外语学院、国际商学院、金融学院、经济学院、会计学院、旅游与酒店管理学院、马克思主义学院、萨里国际学院、数学与数量经济学院、统计学院、投资工程管理学院、新闻传播学院、人文学院、营口大学园经济管理学院、国际汉语文化学院、职业技术学院、继续教育学院、网络教育学院、津桥商学院等25个教学学院。
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