1927年3月15日，“晓庄试验乡村师范”创办，陶行知先生即以“教学做合一”指导学校实践。蔡元培先生赞之为“现代教育方法中最好的一种”并亲书“教学做合一”校训匾额，供师生观摩践行。同年10月，著名教育家蔡元培任学校董事长，并在校执教，且亲书“教学做合一”校训，著名乡村教育家赵叔愚任第一院 ( 小学师范院 ) 院长，著名教育家陈鹤琴任学校指导员及第二院（幼稚师范院）院长。
1930年4月，国民党政府封闭了晓庄师范，许多学生遭到逮捕杀戮，陶行知也被通缉，逃亡海外。后来，南京的部分学生在陶行知鼓励下，晓庄小学学生自发组织“晓庄儿童自动学校”
1937年至1945年抗日战争期间，学校被迫停办。
1938年，从欧洲归来的陶行知在香港发愿，要创办“晓庄学院”将生活教育理论应用到大学教育中去。
1951年1月，经周总理批准复办南京晓庄学校，选址南京晓庄。
1952年、1958年南京教育学院、南京市师范专科学校先后建校，“教学做合一”的思想也成为学校办学的重要教学观念。
1991年，经原国家教委批准，原南京市师范专科学校与南京教育学院合并。
2000年3月，为进一步实施南京市“科教兴市”战略，适应地方经济社会发展对人才的需求，经国家教育部批准，由原南京市师范专科学校、南京教育学院、南京市晓庄师范学校组合新建南京晓庄学院，实现了陶行知先生“回国三愿”中创办“晓庄学院”的意愿。
2013年，教育部批准新增加了秘书学，商务英语，自动化，财务管理4个专业。
据2014年7月南京晓庄学院官网显示，学校设有教师教育学院、新闻传播学院、社会发展学院、体育学院、音乐学院、美术学院、文学院、外国语学院、物理与电子工程学院、经济与管理学院、数学与信息技术学院、生物化工与环境工程学院12个二级学院，设有独立学院行知学院，另设有继续教育学院、海外教育学院，设置学前教育、小学教育（语文、数学、英语、科学4个方向）、应用心理学（心理健康教育方向）、汉语言文学（师范）、数学与应用数学（师范）、英语（师范）、思想政治教育（师范）、历史学（师范）、地理科学（师范）、生物科学（师范）、物理学（师范）、化学（师范汉语言文学）、秘书学、汉语国际教育、经济学、经济学（经济与金融）、财务管理、物流管理、行政管理、商务英语、英语、日语、广播电视学、广播电视编导、电子信息科学与技术、物理学、光电信息科学与工程、自动化、生物科学、食品科学与工程、化学、应用化学、环境工程、地理信息科学、人文地理与城乡规划、人文地理与城乡规划（中英合作办学，3+1）、计算机科学与技术、软件工程、网络工程、数学与应用数学（非师范）、信息与计算科学（非师范）、视觉传达设计、绘画（师范）、环境设计、动画、音乐学（师范）、音乐学（非师范）、音乐表演（舞蹈）、体育教育、社会体育指导与管理46个普通本科专业，还设有成人高等教育本专科专业36个。
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