1986年11月，原南阳地区行署作出决策，着手创办南阳大学。
1987年5月，河南省人民政府审批通过，同意启动南阳大学的筹建工作；同时，南阳大学董事会宣告成立。同年9月，南阳大学迎来了首届学生，共128名，涵盖3个专业。
10月7日，首届新生开学典礼如期举行。
1989年1月，河南新校址建设完成。8月，学校从原南阳地区财贸干校的临时办学地点搬迁至新校园。
1992年1月，南阳大学与南阳电大分校实现了合并。
1993年1月，国家教委向河南省人民政府发出函件，同意在南阳大学的基础上设立南阳理工学院；与此同时，张仲景国医大学撤销，其建制并入南阳理工学院。
1993年12月，南阳理工学院与南阳电大正式分开，独立办学。
2004年5月，经过国家教育部批准，学校成功升格为本科院校，并采用省市共建、以市为主的办学模式。
2005年，学校获得了学士学位授予权；同年，原南阳一师并入理工学院，成立了基础教育学院。
2011年，学校被批准成为教育部“卓越工程师教育培养计划”的试点学校。
截至2014年5月，学校设有机械与汽车工程学院、计算机与信息工程学院、电子与电气工程学院、土木工程学院、建筑与城市规划学院、艺术设计学院、经济与管理学院、外国语学院、数理学院、音乐学院、文法学院、生物与化学工程学院、张仲景国医学院、软件学院、国际教育学院、教育学院、成人教育学院等17个二级学院；以及体育教学部、政治理论教学部2个教学部，共开设45个本科专业。
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