1958年，由王震将军亲自创办并担任校长的黑龙江八一农垦大学，座落于黑龙江省密山市裴德镇。1959年，时任农垦部部长及八一农校校长的王震将军，致信姜瑞元等校领导，提出“将在虎林建设新的农大校址”。然而，由于自然条件和资金限制，迁校计划未能实施。
学校初创时期，名为黑龙江铁道兵农垦局农业大学，期间也曾称作密山农垦局农业大学。1958年10月30日，王震将军在学校积肥现场会议上表示：“农学系八班希望我为农大命名，还要包含共产主义的意义。同志们，‘八一农大’这个名字如何？”1959年6月8日，农垦部发布《关于八一农垦大学名称问题的通知》，学校正式定名为黑龙江八一农垦大学。
文化大革命第二年，校内派别组织“红色造反团”成功夺权，于1967年3月9日将学校更名为军垦大学，并成立了军垦大学革命委员会。两个月后，学校再次更名为东北农垦大学。1967年4月30日，牡丹江地区革命委员会批准成立“东北农垦大学革命委员会”。
1969年9月2日，学校划归黑龙江生产建设兵团管理，不久后学校被撤销。1973年，学校恢复，更名为“中国人民解放军沈阳军区黑龙江生产建设兵团农垦大学”。1976年，兵团撤销，学校更名为“黑龙江农垦大学”。1978年7月7日，校党委向上级申请恢复八一农垦大学校名。1978年9月4日，省革命委员会正式批准恢复“黑龙江八一农垦大学”校名。
2003年10月，学校搬迁至大庆市高新技术开发区。
截至2014年3月，黑龙江八一农垦大学设有农学院、工程学院、动物科技学院、经济管理学院、会计学院、食品学院、人文社会科学学院、信息技术学院、生命科学技术学院、理学院、应用技术学院·高等职业技术学院、继续教育学院、军事体育部、思想政治理论课教学研究部等多个教学机构。
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