追溯至清光绪32年，山东高等农业学堂在济南成立，彼时学生多为秀才，毕业后即有机会出国深造。
到了1913年，该校更名为山东公立农业专门学校。
1926年，奉系军阀督办张宗昌将包括公立农专在内的五所专门学校合并，创建了山东大学，公立农专成为省立山东大学农学院。
1928年，“五卅惨案”导致学校停办。同年，省立山东大学农学院改为国立，并迁址至青岛。
1947年，山东省立农学院在济南原公立农专旧址重新成立，阎若闵担任院长。
1948年9月，济南解放，山东省人民政府接收了原山东省立农学院及山东省立高级农业职业学校，并在12月将山东省人民政府实业厅在青州举办的农林专科学校并入。
1952年9月，为满足国家建设需求，山东省立农学院与山东大学农学院合并，同时纳入齐鲁大学农业专科、金陵大学园艺系、南京大学园艺系果树组，共同组成了新的山东农学院。
1953年11月，山东农学院成立中共党组织，以加强政治思想领导和监督学校方针政策的执行，党委书记为华山。
1958年，根据省委指示，学校迁至泰安，与山东林学院、山东畜牧兽医学院、泰安农业专科学校、泰安水利学校合并，建立了山东农业大学，1959年更名为山东农学院。
1983年9月，山东农学院更名为山东农业大学，陈瑞泰担任校长，王成旺继续担任党委书记。
1999年7月，经山东省人民政府批准，山东农业大学与山东水利专科学校合并，同时将山东省林业学校并入，成立了新的山东农业大学。
2010年，山东农业大学入选“山东特色名校工程”应用基础型5所之一。
2012年5月，国家林业局与山东省人民政府签署协议，共同建设山东农业大学。
2012年6月，山东省人民政府与农业部签署《关于合作共建山东农业大学的协议》，山东农业大学正式成为省部共建大学。
以下是部分学院及专业设置：
农学院：农学、植物科学与技术、种子科学与工程、中药资源与开发。
园艺科学与工程学院：园艺、茶学、设施农业科学与工程。
食品科学与工程学院：食品科学与工程、食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程、食品质量与安全（中英合作）。
植物保护学院：植物保护、制药工程（农药方向）、动植物检疫（植检方向）、烟草、森林保护（有害生物防控方向）、森林保护（菌物资源与利用方向）。
林学院：林学、园林、风景园林、艺术设计（景观设计）、蚕学、水土保持与荒漠化防治、生态学、木材科学与工程。
机械与电子工程学院：农业机械化及其自动化、交通运输、电气工程及其自动化、自动化、机械电子工程、车辆工程。
资源与环境学院：农业资源与环境、土地资源管理、环境科学、地理信息科学、草业科学、环境工程、土地资源管理（中英合作）。
动物科技学院：动物科学、动物医学、水产养殖、制药工程（兽药方向）、动植物检疫（动检方向）。
经济管理学院：农林经济管理、会计学、工商管理、国际经济与贸易、金融学、农村区域发展、工程管理、经济学、财务管理、旅游管理、市场营销。
信息科学与工程学院：计算机科学与技术、计算机科学与技术（惠普软件开发方向）、计算机科学与技术（惠普软件测试方向）、网络工程、信息与计算科学、数学与应用数学、通信工程、电子信息科学与技术、测绘工程、遥感科学与技术、空间信息与数字技术、物联网工程。
化学与材料科学学院：应用化学、材料化学。
生命科学学院：生物技术、生物工程、生物科学。
文法学院：法学、行政管理、秘书学、城市管理。
外国语学院：英语、日语、俄语、商务英语。
水利土木工程学院：水利水电工程、水文与水资源工程、给排水科学与工程、建筑环境与能源应用工程、土木工程（房屋建筑方向）、土木工程（装饰工程方向）、环境设计（室内设计与建筑设计方向）、道路桥梁与渡河工程、建筑学。
国际交流学院：国际经济与贸易（中德项目）、工商管理（中德项目）、会计学（中德项目）。
体育与艺术学院：工商管理（高水平运动员）、录音艺术、音乐学、社会体育指导与管理。
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