追溯盐城工学院的办学历史，其前身之一的盐城工业专科学校成立于1958年6月，最初命名为“盐城工学院”。1961年3月，经江苏省人民政府正式批准，更名为盐城工业专科学校。然而，由于国家经济困难，1962年7月学校停办。1977年12月，江苏省革委会批准恢复建校，当时称为南京工学院盐城分院。1979年1月，国务院批准学校再次更名为盐城工业专科学校。
1996年5月，经教育部（原国家教育委员会）和江苏省人民政府批准，盐城工业专科学校与1985年创建的盐城职业大学合并，升级为公办本科院校，并恢复“盐城工学院”的名称，成为盐城市第一所本科院校。2000年2月，盐城会计学校并入盐城工学院。2007年9月，学校启用希望大道校区。同年11月，学校在教育部本科教学水平评估中获得优秀等级。
2008年10月，盐城工学院庆祝建校50周年。
目前，学校设有14个二级学院、3个学部以及独立学院博雅学院。
以下是盐城工学院二级学院（学部）的详细列表：
- 盐城工学院机械工程学院
- 盐城工学院优集学院（合署）
- 盐城工学院人文社会科学学院
- 盐城工学院经济与管理学院
- 盐城工学院纺织服装学院
- 盐城工学院土木工程学院
- 盐城工学院设计艺术学院
- 盐城工学院化学与生物工程学院
- 盐城工学院信息工程学院
- 盐城工学院电气工程学院
- 盐城工学院汽车工程学院、盐城悦达汽车学院（合署）
- 盐城工学院材料工程学院
- 盐城工学院环境科学与工程学院
- 盐城工学院外国语学院
- 盐城工学院继续教育学院、盐城市广播电视大学（合署）
- 盐城工学院博雅学院
- 盐城工学院基础教学部
- 盐城工学院社会科学部
- 盐城工学院体育教学部
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