中国人民解放军军事工程学院。
哈尔滨工程大学可以追溯到1953年创建的中国人民解放军军事工程学院（世称“哈军工”），陈赓大将为首任院长兼政委。毛泽东主席为学院的成立颁发了训词。学院按军兵种设立空军工程系、炮兵工程系、海军工程系、装甲兵工程系、工程兵工程系五个系。1959年学校被确定为20所全国重点大学之一。
1960年全校设64个专业，在编教职工总数为9165名，在院学员总数为11710名，其中基本班10000名，研究生班1710名（当时清华设有33个专业，3000余名教职工），学制八年，分为两个阶段：第一阶段为期五年，为基本训练阶段，目标是把学员培养成具有工程师水平的干部；第二阶段为高级阶段，为期三年，目标是把学员培养成具有高级设计师或研究员水平的干部。党、国家、军队领导人周恩来、朱德、邓小平、董必武、彭德怀、刘伯承、贺龙、陈毅、叶剑英、彭真、谭震林、薄一波及各总部、军兵种等50多位领导同志先后到学院视察和指导工作。
1960年根据中央军委决定，按照“尖端集中、常规分散”原则，以下常规院系进行了迁出并独立建院：炮兵工程系（现南京理工大学）、装甲兵工程系（现解放军装甲兵工程学院）、工程兵工程系（现解放军工程兵工程学院）、防化兵工程系（现解放军防化兵工程学院）、空军工程系（现解放军空军工程大学一部分、西北工业大学一部分）。
1960年到1962年，学院进行了分建和改建。学院炮兵工程系迁往武昌，与武昌高级军械技术学校合并，成立炮兵工程学院，不久又迁往南京(南京理工大学)；装甲兵工程系迁往西安，成立装甲兵工程学院。工兵工程系迁往西安，后又迁回北京，成立工程兵工程学院；原子化学防护系迁往长春，成立防化学兵工程学院(防化指挥工程学院)；空军工程系的机场建筑和气象两个专业移交给空军气象学校；学校又陆续成立原子工程系、导弹工程系、电子工程系、计算机工程系。
1966年，文革爆发。4月，根据中央军委决定，“中国人民解放军军事工程学院”改名为“哈尔滨工程学院”退出部队序列。
1970年文革期间，哈尔滨工程学院（“哈工程”）被林彪集团正式肢解，分为 ”军工六校“留守部分，以海军系全建制为基础，空军系、导弹系、原子系、计算机系等部分专业、教师以及文革中“政治上不合格”干部教师共1500余人（占当时分拆总数的51%，注：国防科大当时分得1447人），组建哈尔滨船舶工程学院（简称“哈船舶”），归第六机械工业部（后为中国船舶工业总公司）领导；包含以下部分：海军工程系全建制、空军工程系部分专业及教师、导弹工程系部分专业及教师、原子工程系部分专业及教师、计算机系部分专业及教师。
1978年，哈尔滨船舶工程学院被国家教委确定为88所重点大学之一。
1982年，成为首批具有博士、硕士学位授予权的单位。
1994年，学校更名为哈尔滨工程大学。
1996年学校通过了“211工程”预审，成为国家“211工程”的首批建设学校之一。
2002年由教育部批准设立研究生院。
2011年进入教育部985平台，学校现隶属于工业和信息化部（由原国防科工委、信产部、国务院信息化工作办公室、国家烟草专卖局于2008年合并而成），并由国防科工委、教育部、黑龙江省、海军四方共建。
截止2013年，学校下设19个专业学院，4个教学系、部、中心 ，在56个本科专业招生。
1 哈尔滨工程大学船舶工程学院。
2 哈尔滨工程大学航天与建筑工程学院。
3 哈尔滨工程大学动力与能源工程学院。
4 哈尔滨工程大学自动化学院。
5 哈尔滨工程大学水声工程学院。
6 哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院。
7 哈尔滨工程大学机电工程学院。
8 哈尔滨工程大学信息与通信工程学院。
9 哈尔滨工程大学经济管理学院。
10 哈尔滨工程大学材料科学与化学工程学院。
11 哈尔滨工程大学理学院。
12 哈尔滨工程大学外语系。
13 哈尔滨工程大学人文社会科学学院。
14 哈尔滨工程大学国际学院、继续教育学院。
15 哈尔滨工程大学核科学与技术学院。
16 哈尔滨工程大学体育部。
17 哈尔滨工程大学工程训练中心。
18 哈尔滨工程大学国防教育学院、武装部。
19 哈尔滨工程大学软件学院。
20 哈尔滨工程大学国家保密学院。
21 哈尔滨工程大学马克思主义学院。
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