在1964年，受园林教育革命的影响，园林专业遭遇了批判。随后，1965年北京林学院园林专业宣布停办，园林系随之撤销。
到了1969年文化大革命期间，林彪颁布了战备疏散的一号命令，北京林学院开始向云南迁移。学院的原北京校址被中国科学院、中国农业科学院、北京大学、清华大学、中国科学技术大学研究生院等多家单位占用。
北京林学院的搬迁实质上是一次解散，但幸运的是，经过中华人民共和国国务院的干预，学校得以保留。1970年，全校师生集中于丽江，学校更名为丽江林学院，随后迁至下关市，并更名为云南林业学院（即现今的西南林业大学）。
1973年，学校搬迁至昆明市安宁县楸木园，同时，云南农业大学林学系并入云南林业学院（今西南林业大学）。
文化大革命结束后，经过不懈努力，学校于1979年返京复校，恢复北京林学院名称。虽然收回了部分原有土地，但总面积减少了40.5%，校内科研基地植物园遭到破坏（现为中国科学院半导体研究所）。
1977年，北京林业大学园林系得以恢复。
改革开放后的1979年，学院的专业设置和办学规模逐步扩大。
1984年，中华人民共和国中央军事委员会主席邓小平为学院题写了校名。
1985年，经中华人民共和国林业部批准，北京林学院正式更名为北京林业大学。
1996年，北京林业大学成为211工程首批建设的41所高校之一。
2001年，中华人民共和国教育部和中华人民共和国国家林业局达成共识，决定与北京林业大学共建。
2005年，北京林业大学被列入42所具有本科自主选拔录取资格的高校之一。
2009年，学校进入985工程优势学科创新平台建设行列。
2010年，获得中华人民共和国教育部和中华人民共和国国家林业局的共建支持。
2011年，与10所行业特色高校共同组建了北京高科大学联盟。
2012年，牵头成立了中国第一个林业协同创新中心——林木资源高效培育与利用协同创新中心。
2013年，撤销了材料科学与工程学院的艺术设计系、工学院的工业设计系和信息学院的动画系，成立了北京林业大学艺术设计学院。
学校拥有一级学科国家重点学科：林学（涵盖7个二级学科：林木遗传育种、森林培育、森林保护学、森林经理学、野生动植物保护与利用、园林植物与观赏园艺、水土保持与荒漠化防治）。
二级学科国家重点学科：植物学、木材科学与技术。
国家重点（培育）学科：林业经济管理。
国家林业局重点学科：植物学、生态学、城市规划与设计（含风景园林规划与设计）、木材科学与技术、林产化学加工工程、土壤学、森林保护学、森林经理学、野生动植物保护与利用、林业经济管理。
一级学科：林业工程（包含二级学科：森林工程、木材科学与技术、林产化学加工工程）。
二级学科：生态学、城市规划与设计（含风景园林规划与设计）、草业科学。
交叉学科：生态环境地理学。
林业经济管理、植物学、生态学、城市规划与设计、木材科学与技术、林产化学加工工程、土壤学、森林保护学、森林经理学、野生动植物保护与利用、林业经济管理、林业工程、生态环境地理学、风景园林规划与设计。
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