追溯至1949年2月至8月，冀鲁豫区菏泽师范学校正式成立。
随着1949年8月20日平原省的建立，冀鲁豫边区菏泽师范学校更名为平原省立菏泽师范学校，并由平原省教育厅负责管理。
到了1952年12月，平原省撤销，菏泽与聊城两地区划归山东省，平原省立菏泽师范学校相应地更名为山东省菏泽第一师范学校，简称菏泽一师，归山东省教育厅管理。
1958年7月，为解决菏泽地区中学师资不足的问题，山东省与菏泽专署决定以菏泽第一师范学校为基础，改建为菏泽师范专科学校。
1962年5月，学校传达了山东省文教口精简机构会议精神，并研究制定了调整撤消工作计划。1963年11月25日起，学校停止对外办公及所有联络活动。
1970年7月，山东财经学院撤销，人员和设备分别迁至惠民和菏泽两地，分别改建为惠民师专和菏泽师专，使得菏泽师范专科学校得以重建。
1978年，经国务院批准，菏泽师范专科学校升格为普通高等师范专科学校。
2002年1月7日，山东省人民政府批准将菏泽教育学院、菏泽广播电视大学、菏泽农业学校、菏泽师范学校并入菏泽师专，筹备成立菏泽学院。
2004年5月17日，菏泽学院正式成立，教育部批准其为普通本科高校。
2012年，学校重新归山东省教育厅主管，并顺利通过了教育部本科教学工作合格评估。
学院开设专业涵盖历史学、思想政治教育、汉语言文学、广播电视学、劳动与社会保障、财务管理、物流管理、经济学（金融服务与金融理财方向）、英语、日语、美术学、视觉传达设计、动画、环境设计、产品设计、音乐学、音乐表演、心理学、数学与应用数学、信息与计算科学、计算机科学与技术（软件外包方向）、计算机科学与技术（3D仿真设计方向）、计算机科学与技术（与惠普合作培养软件开发）、计算机科学与技术（与惠普合作培养软件测试）、网络工程、物理学、电子信息科学与技术（物联网方向）、电子信息科学与技术、化学、能源化学工程、化学工程与工艺、生物工程、环境科学与工程、体育教育、民族传统体育、土木工程、设施农业科学与工程、食品科学与工程、园林、动物科学、制药工程、机械电子工程、自动化、材料成型及控制工程、小学教育、特殊教育、学前教育。
此外，还设有行政管理、语文教育、文秘、法律事务、会计电算化、经济管理、市场营销、电子商务、商务英语、心理咨询、数学教育、计算机应用技术、应用电子技术、电子信息工程技术、应用化工技术、生物技术及应用、城镇规划、建筑工程技术、设施农业技术、园艺技术、环境艺术设计、艺术设计、生物制药技术、机电一体化技术、初等教育、学前教育等专业。
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