1958年，公主岭农业大学、公主岭地区合作化干部学校以及吉林省公主岭农场三者合并，共同组建了公主岭农学院。
到了1962年，公主岭农学院与四平地区农业机械化学校（部分）及四平地区农业学校进行了合并，形成了吉林省农业机械化学校。
同年，1958年成立的怀德县农业机械化学校在1960年更名为四平地区农业机械化学校，但在1962年该校被撤销。
1978年，吉林省农业机械化学校成功升格为吉林农业机械化学院。
1982年，吉林农业机械化学院进行了改建，重新变更为吉林省农业机械化学校。
2002年，吉林省农业机械化学校再次升格，成为如今的吉林农业工程职业技术学院。
1980年，四平粮食学校正式创建。
2006年，四平粮食学校并入吉林农业工程职业技术学院，进一步丰富了学院的学科体系。
2014年4月28日，根据教育部批准（教发厅函【2014】50号文件），吉林农业工程职业技术学院正式更名为吉林工程职业学院。
目前，学院下设信息工程分院、机电工程分院、汽车工程分院、管理科技分院、生物工程分院、粮食工程分院、食品工程分院、建筑工程分院、机械工程分院等多个分院，形成了多元化的专业体系。
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