1959年5月，安徽财经大学在合肥奠基，初命名为安徽财贸学院。
1961年，该校搬迁至被誉为“珍珠城”的淮河流域中心城市蚌埠，校区位于交通路（即现今的交通路校区）。
1965年，学校转隶中华全国供销合作总社管理，并更名为安徽商学院。
在文化大革命期间，学校经历了多次更名，先后被称为安徽省财经学校、安徽省供销商业学校。
1978年12月，经过国务院的批准，学校恢复安徽财贸学院名称，由中华全国供销合作总社与安徽省共同管理，以中华全国供销合作总社为主导。
1983年，学校本部迁至宏业路校区（即现在的龙湖西校区）。1984年，交通路校区经过商业部批准，转型为商业部安徽商业管理干部学院。
1992年9月，安徽财贸学院与安徽商业管理干部学院合并，重组为新的安徽财贸学院，学校先后归属中华全国供销合作总社、商业部、国内贸易部管理。
2000年2月，国务院决定，安徽财贸学院实行中央与地方共建，以安徽省人民政府管理为主。
2004年5月，经教育部批准，学校更名为安徽财经大学，同年9月，学校本部迁入龙湖东校区。
2011年，安徽省教育厅批复安徽财经大学整体专业进入安徽省本科第一批次招生。
截至2014年6月，安徽财经大学设有13个学院（其中商学院为独立学院），两个教学部，共开设54个本科专业。
以下为安徽财经大学各学院一览：
安徽财经大学经济学院、安徽财经大学金融学院、安徽财经大学国际经济贸易学院。
安徽财经大学工商管理学院、安徽财经大学会计学院、安徽财经大学管理科学与工程学院。
安徽财经大学财政与公共管理学院、安徽财经大学法学院、安徽财经大学文学与艺术传媒学院。
安徽财经大学外国语学院、安徽财经大学统计与应用数学学院、安徽财经大学商学院（独立学院）。
安徽财经大学成人教育学院。
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