河南中医学院的创立可以追溯到1953年成立的河南中医进修学校。
到了1958年，河南省计划建设61所新型高等学府，河南中医学院即在原有河南中医进修学校的基础上应运而生。
1958年9月4日，河南中医学院正式成立，并于当年招收了第一期94名学生。
1979年，该校获得国务院学位委员会的批准，开始面向全国招收和培养硕士学位研究生；1981年，又被正式确认为硕士学位的首批授予单位。
自1997年起，河南中医学院先后与北京中医药大学、上海中医药大学、中国中医科学院等机构联合培养博士研究生，并于2003年得到教育部认可，成为联合培养博士研究生的单位。
2006年，该校获得人事部批准，设立了博士后科研工作站；2009年1月，被确认为博士学位授权建设单位。
2011年11月，河南中医学院与河南省人民政府及国家中医药管理局签订了共建协议，成为河南省第八所省部共建的院校。
2012年，学校被纳入国家中西部高校基础能力建设工程规划，并成为"国家中西部高等教育振兴计划"的一部分。
2013年，河南中医学院成为教育部中国政府奖学金生的培养基地；同年，学校的中医学、中药学两个一级博士授权学科得到河南省和国务院学位办正式批准，并于2014年开始招收博士研究生。
截至2014年6月，河南中医学院设有基础医学院、第一临床医学院、护理学院、第二临床医学院、骨伤学院、针灸推拿学院、药学院、人文学院、外语学院、信息技术学院、软件职业技术学院、海外教育学院、继续教育学院等13个学院，以及思想政治理论教研部、体育教研部、职业技能培训鉴定中心等3个教研部（中心）。
学校开设有中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、预防医学、护理学、康复治疗学、医学检验技术、医学影像技术、应用心理学、中药学、药学、中药资源与开发、药物制剂、中药制药、制药工程、生物工程、计算机科学与技术、市场营销、公共事业管理、信息管理与信息系统、文化产业管理、英语、汉语国际教育等23个本科专业，以及应用心理学第二学位专业。
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