自1933年起，昆明医科大学的前身——东陆大学医学专修科便开始建立。
到了1956年，昆明医科大学正式成立。
1977年，高考制度恢复，该校也开始招生。
1981年，昆明医科大学成为全国首批硕士学位授予单位之一。
（1993年），学校被列为省属重点院校。
（1996年），昆明医科大学获得在职人员以同等学力申请硕士学位的资格。
（1998年），学校被批准为博士学位授予单位。
（2000年）与（2003年），昆明医科大学分别成为临床医学、口腔医学硕士专业学位授权试点单位。
（2005年），药学院开始招收药学专业硕士生。
（2006年），学校获得推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士研究生的资格。
（2007年），在教育部组织的本科教学工作水平评估中，昆明医科大学获得优秀评级。
（2009年），学校获得公共卫生专业硕士学位授予权。
（2010年），昆明医科大学新增第二个博士后科研流动站。
（2011年），学校获得临床医学一级学科博士学位授予权，并拥有医学副教授职称评审权及留学生招生权。
（2012年），经教育部批准，学校更名为昆明医科大学。
（2013年10月），昆明医科大学举办了一系列庆祝建校80周年的活动。
以下是学校的部分学院和专业设置：
- 基础医学院：卫生检验、营养学。
- 公共卫生学院：预防医学、公共事业管理。
- 口腔医学院：麻醉学、口腔医学。
- 法医学院：预防医学专业。
- 药学院：药学专业、药物制剂。
- 护理学院：临床药学、护理学专业、康复治疗学。
- 继续教育学院：市场营销。
- 高等职业教育学院：法学专业（医事法学方向）。
- 海源学院：劳动与社会保障专业（医疗保险方向）。
- 临床肿瘤学院：临床医学、临床医学专业（肿瘤方向）。
- 国际教育学院：公共事业管理专业（卫生事业管理方向）。
- 第一临床医学院：医学影像学、医学检验专业。
- 第二临床医学院：卫生检验、公共卫生与营养学。
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