1903年，马相伯先生创建了震旦公学；
1905年，震旦公学因外籍传教士南从周篡夺校政发生风潮，于右任、邵力子等原震旦公学学生脱离震旦，拥戴马相伯在吴淞创办复旦公学，马相伯、叶仲裕等邀请热心教育事业的严复、张謇、熊希龄等28人为校董，筹集复旦建校资金。两江总督周馥拨银1万两，并借吴淞提督衙门为临时校舍。当年中秋节翌日，民办官助的复旦公学正式开学。
1911年，辛亥革命爆发，复旦学生多数参加革命军；加上经费停发，学校本土又为光复军司令部占用，学校一度停办。
1912年～1916年，共培养大学预科毕业生十五人，中学毕业生一百五十人。其中著名的有张志让、孙越崎等人。
1917年，复旦公学升格，改名为私立复旦大学，下设文、理、商三科以及预科和中学部，首任校长李登辉。1937年抗日战争爆发后，学校内迁重庆北碚，
1929年，复旦大学进行系科改组，增设新闻系、市政系、法律系、教育系，其时全校共有17个系，分属文、理、法、商四个学院。
1937年，复旦大学发展为具有文、理、法、商四学院，十六系科的大学。还附设有中学、实验中学各一所，义务小学二所。复旦大学已成为中国东南的重要学府。
1938年秋，复旦渝校陆续增设史地系、数理系、统计系、农垦专修科、园艺系、农场、茶叶组、农艺系等。
1940年秋，复旦渝校建立农学院。
1941年，改为“国立复旦大学”
1946年，学校迁回上海江湾原址。
1949年，学校设立文、 理、法、商、农五院20多个系（科）。
鲁迅、郭沫若、邹韬奋、老舍、竺可桢、马寅初等著名学者曾到校演讲或任教。
1950年，复旦大学的海洋系并入山东大学，暨南大学的文、法、商三。
毛泽东为复旦大学题写校名院，同济大学的文、法两院，以及浙江大学、国立英士大学的部分系科并入复旦大学。
1952年秋，复旦大学的法学院、商学院、农学院调出，分别成立了华东政法学院、上海财经学院和沈阳农学院（即沈阳农业大学）；而华东地区的浙江大学、交通大学、南京大学、安徽大学、金陵大学、圣约翰大学、沪江大学、震旦大学、（上海）大同大学、光华大学、大夏大学、上海学院、中华工商高等专科学校、中国新闻高等专科学校等高等院校的文、理科有关院系并入复旦大学，学校由应用学科见长的高校变为文理综合大学 ，在解放初期享有“江南第一学府”的美誉。
二十世纪80年代以后，复旦逐步发展成为一所人文科学、社会科。
复旦大学学、自然科学、工程科学以及管理科学在内的高水平研究型大学。
1995年复旦大学90周年校庆，江泽民主席为复旦题词：面向新世纪，把复旦大学建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学。
2000年4月27日，上海医科大学与复旦大学合并，成立新的复旦大学。上海医科大学与复旦大学强强合并，进一步拓宽了复旦大学的学科结构，为建设国际一流的综合性大学的发展目标奠定了坚实的基础。
2005年百年校庆，国家主席胡锦涛发来贺信，贺信中称复旦大学是“由中国人自主创办的第一所大学”全国人大常委会委员长吴邦国参加校庆大会并致词。国家邮政总局发行复旦百年校庆纪念邮票，这是继北京大学百年校庆后中国第二次为一所大学百年校庆发行邮票。
2006年，“复旦” 被评为上海市著名商标；
2007年，“复旦”商标（包括“复旦”二字和图形标识）被国家工商行政管理总局商标局认定为中国驰名商标（教育类），复旦因此成为继清华之后，中国第二所获此殊荣的高校。东京大学只接收以优异成绩毕业于中国北京大学，复旦大学，清华大学，并由该大学校长推荐的学生到该校就读大学院硕士课程及专业学位课程，给予ADK中国育英基金奖学金，主要目的在于协助培养中国各个领域的下一代领导人材。
截至2014年，复旦大学有直属院（系）30个，设有本科专业70个。
复旦大学院系 复旦学院（本科生院） 复旦大学上海医学院（医科管理机构） 复旦大学研究生院。
复旦大学中国语言文学系 复旦大学新闻学院 复旦大学哲学学院 复旦大学文物与博物馆学系。
复旦大学外国语言文学学院 复旦大学法学院 复旦大学历史学系 复旦大学国际关系与公共事务学院。
复旦大学旅游学系 复旦大学经济学院 复旦大学管理学院 复旦大学社会发展与公共政策学院。
复旦大学数学科学学院 复旦大学国家保密学院 复旦大学计算机科学技术学院 复旦大学物理学系。
复旦大学化学系 复旦大学高分子科学系 复旦大学环境科学与工程系 复旦大学信息科学与工程学院。
复旦大学软件学院 复旦大学材料科学系 复旦大学力学与工程科学系 复旦大学生命科学学院。
复旦大学基础医学院 复旦大学公共卫生学院 复旦大学药学院 复旦大学护理学院。
复旦大学国际文化交流学院。
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