自1954年创立之初，该校名为黑龙江省中医进修学校，其后历经多次更名。
1959年正式定名为黑龙江中医学院。
1996年，经国家教育部批准，学校更名为黑龙江中医药大学。
2004年，该校在全国首批获得教育部本科教学工作水平评估优秀结论。
2007年，该校成为全国首家通过教育部本科中医学专业认证的单位。
同年，黑龙江中医药大学与英国伦敦南岸大学、哈尔滨师范大学在英国伦敦联合创办了世界首家中医孔子学院。
2008年，该校被确定为国家中医临床研究基地建设单位。
2009年，荣获全国精神文明建设工作先进单位的称号。
2014年3月，与美中药联商会合作创办的黑龙江中医药大学美国分校正式成立，标志着全球首个在海外开设中药学学士学位课程的机构诞生。
截至2014年6月，黑龙江中医药大学设有11个学院、11个附属医院（其中9个非直属）、1个研究院、24个教学医院以及62个实习基地。
学校开设有中医学、中西医临床医学、针灸推拿学、中药学、药物制剂、制药工程、中药资源与开发、生物技术、护理学、公共事业管理、药学、食品科学与工程、应用心理学等13个本科专业及8个专业方向。
具体学院包括：基础医学院、药学院、临床医学院（附属第一医院）、针灸推拿学院（附属第二医院）、成人教育学院、国际教育学院、人文与管理学院、马克思主义学院、佳木斯学院、中医药研究院、研究生院。
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