在2002年春末夏初，教育部长陈至立同志主持了一场京津地区高校领导的小型座谈会，传达了中央领导关于高等教育的重要指示。会上提出，尚未设立独立学院的“985”高校应积极响应国家号召，满足人民群众的需求，积极创办实力雄厚的独立学院，这是中央在综合分析社会发展与就业形势后，提出的一项解决社会问题的举措。
顺应国家发展趋势和南开大学的定位，大约在2002年4月，基于南开大学职业技术学院的基础上，南开大学积极寻求社会力量合作，形成了创办独立学院的意向，并在接下来的时间里积极推进。
在众多合作单位中，南开大学滨海学院与十几家单位进行了深入洽谈，最终在原大港区委、区政府的支持下，决定与港容公司合作，共同创办南开大学滨海学院。学院最初命名为南开大学伯苓学院，以纪念我国近代民办教育的先驱者、南开学校的创办人张伯苓先生。
2003年1月11日，南开大学与大港区政府在大港宾馆举行了《合作建设南开大学伯苓学院筹建方案》及《合作建设南开大学伯苓学院协议书》、《关于对南开大学伯苓学院实施股份制管理的协议书》的签字仪式。
南开大学校长侯自新、大港区区长陈玉贵分别代表双方在协议书上签字。南开大学党委书记薛进文、大港区委书记只升华、天津市教委副主任马建标等出席了签字仪式并发表讲话。学院作为股份制合作办学实体，具有独立法人资格，独立承担民事责任，不纳入南开大学正式建制。南开大学以品牌和教育资源等无形资产入股，负责学生的教学和日常管理，大港区政府提供1000亩土地，大港区港容城市环境开发有限公司等企业投资建设8万平方米的办公用房和基础设施。学院在教学和管理上依托南开大学，共享图书网络、远程教育等资源。2004年校舍建设基本完成，首届学生入学，这一届学生毕业时发放的是学院毕业证，学士学位证书仍由校本部发放。自2008年起，南开大学滨海学院开始自行授予毕业证和学位证。
以下是学院部分专业设置：
计算机科学系：数字媒体技术（4年，工学）、数字媒体技术（数字影视动画技术与应用方向，4年，工学）、计算机科学与技术（数字仿真与游戏设计方向，4年，工学）。
电子科学系：电子信息科学与技术（电子信息工程方向，4年，工学）、电子信息科学与技术（物联网工程方向，4年，工学）、电子信息科学与技术（4年，工学）。
环境科学与工程系：环境科学（4年，理学）。
应用数学系：数学与应用数学（金融数学与金融工程方向，4年，理学）。
经济管理系：双学位班（国际经济与贸易和物流管理，4年，经济学、管理学）、双学位班（金融学和财务管理，4年，经济学、管理学）、ACA实验班（4年，管理学）、市场营销（4年，管理学）、工商管理（拍卖与典当方向，4年，管理学）、工商管理（期货交易与管理方向，4年，管理学）、财务管理（4年，管理学）、物流管理（4年，管理学）、国际经济与贸易（4年，经济学）、信息管理系：信息管理与信息系统（4年，管理学）。
法政学系：法学（律师方向，4年，法学）、行政管理（电子政务方向，4年，管理学）、行政管理（心理健康咨询与教育方向，4年，管理学）、行政管理（人力资源管理方向，4年，理学）、公共事业管理（4年，理学）、应用心理学（人力资源管理方向，4年，理学）、应用心理学（心理健康咨询与教育方向，4年，理学）。
外语系：英语（外经贸翻译方向，4年，文学）、英语（涉外文秘方向，4年，文学）、英语（金融学方向，4年，文学）、日语（外经贸翻译方向，4年，文学）、双学位班（国际经济与贸易和英语外经贸翻译，4年，文学、经济学）。
金融学系：金融学（4年，经济学）、金融工程（4年，经济学）、金融学中美国际班（4年，经济学）。
艺术系：广告学（4年，文学）、环境艺术设计（4年，文学）、服饰与服装设计（4年，文学）、色彩系统设计（4年，文学）、服饰与服装设计（专接本，4年，文学）。
生物学系：生物科技（4年，工学）。
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