1978年，中国人民银行总行在原吉林省财政金融学校的基础上，恢复了吉林省银行学校（即现今的长春金融高等专科学校），并首次招生信贷班。
1979年，该校更名为吉林银行学校。
1983年，中国人民银行总行在学校内部创办了中国人民银行吉林省分行职工大学。
1984年，经总行、教育部及省政府批准，吉林银行学校升格为长春金融专科学校，成立了金融系，并细分为信贷教研室和分析教研室。同时，批准设立金融专业；会计系也随之成立，设有会计原理、银行会计、珠算、统计和计算机教研室。
1988年，金融系教研室调整为信贷、国际金融、农村金融、保险以及经济活动分析等多个教研室。
1989年，学校获得批准增设国际金融专业和证券投资与管理专业，并开始招生。
1992年，学校正式更名为长春金融高等专科学校，直属于中国人民银行总行。
1996年，国际金融专业开始招生，经济活动分析教研室调整至会计系。
1998年，金融管理系主体并入金融系，新增货币银行学、财政与税收、商业银行经营管理、统计、保险等多个教研室，并招生金融、国际金融和证券投资等专业。
2000年，学校体制改革，划归吉林省管理，成为中央与地方共建、以吉林省政府管理为主的金融特色全日制普通高等院校。
2004年，金融系部分专业独立，成立了长春金融高等专科学校经济管理系。
金融系设有货币银行学、银行业务、非银行业务、国际金融等多个教研室。
2005年，金融业务专业和会计技术专业被评为吉林省高职高专教育首批“示范专业”和“特色专业”，金融业务专业更名为金融管理与实务专业。
2010年，学校与马来西亚王子学院开展合作办学，已连续招收四届学生。
2012年，金融系国际金融专业与美国班尼迪克大学开展合作办学。
2013年，学校依托“经济管理系大学生创业教育基地”成立了“长春金融高等专科学校大学生创新创业研究中心”，并对金融系教研室进行调整，招生金融管理与实务、国际金融、投资与理财、证券等专业。
2014年5月，学校顺利通过高等职业院校人才培养工作评估。
目前，金融系开设有金融管理与实务、国际金融、证券投资与管理、投资与理财等专业；会计系有会计、会计与审计、财务管理、资产评估与管理等专业；经济管理系涵盖市场营销、物流管理、国际贸易实务、商务经济与代理、电子商务等专业；经济信息管理与计算机应用系则有计算机应用技术（金融业务技术方向）、计算机网络技术（金融信息安全方向）等专业，以及高职、本科“3+2”专本衔接（仅限吉林省考生）。
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