1950年，长春市中医进修学校正式建立。
1962年，吉林省卫生干部学校并入，丰富了学校的师资力量。
1970年，学校整体并入吉林医科大学，开启了新的发展阶段。
1978年，长春中医学院建制得以恢复，并由原全国人大副委员长、中国科学院院长郭沫若题写校名，赋予学校新的历史使命。
2000年，吉林省职工医科大学和长春中医学院附属卫生学校加入，进一步扩大了学校的规模。
2002年，长春中医药大学净月校区一期工程圆满完成，学校主体搬迁至净月校区，开启了新的篇章。
2003年，学校荣获博士学位授予权，成为“十一五”期间吉林省唯一一所获得此授予权的高校，并在全国中医行业中独树一帜。
2004年，学校晋升为省属重点高校，彰显了其学术地位。
2007年，学校顺利通过教育部本科教学工作水平评估，并以优异成绩落幕。
2006年，教育部批准长春中医学院更名为长春中医药大学，标志着学校品牌形象的提升。
2008年，学校与省政府共建吉林省人参科学研究院，人参研究水平居国际领先地位，为吉林省人参产业的发展和健康产业的推进做出了巨大贡献。
2009年，中医学、中药学两个一级学科在全国具有博士学位授权的一级学科整体水平评估中分别排名第7和第9，同时成为博士后流动站，是当年全国中医药院校中唯一一所获得建设单位的高校。
2012年，学校成功获得“国家中西部高校基础能力建设工程”项目，标志着学校已进入国家中西部高校的百强行列。
截至2014年7月，学校设有临床医学院、药学院、护理学院、针灸推拿学院、人文管理学院、基础医学院等6个学院，涵盖18个本科专业。
临床医学院开设中医学、中西医临床医学、临床医学等专业。
药学院涵盖中药学、中药制药、药学、药学（临床药学）、制药工程、药物制剂、生物制药、中药学（四年制）等专业。
针灸推拿学院提供针灸推拿学、康复治疗学、针灸推拿学（五年制）等专业。
护理学院设有护理学、护理学（英语）等专业。
人文管理学院开设公共事业管理（卫生事业管理）、公共事业管理（卫生监督）等专业。
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