2004年由原南通医学院、南通理工学院、南通师范学院三所公立本科院校组成。原南通医学院、南通理工学院的前身是南通私立医学学校和纺织学校，由现代著名专业家、教育家张健先生于1912年创办。
南通医学院的前身是南通私立医学院。1912年3月，由清末状元张健及其兄弟张健创办。它是中国最早的高等医学院之一。
1927南通医学专科学校改为私立南通医科大学。
1928南通农、纺、医三所大学合并为私立南通大学，随后成为南通大学医科。1930年11月，私立南通大学改为南通学院。
1937年下半年日本帝国主义扩大侵略战争,南通学院被迫停2016年南通大学毕业证样本是什么类型的？课。1938年8月南通学院迁至上海，农科、纺织科复课，医科与江苏省立医政学院合并建成国立江苏医学院。
19462000年，南通学院总部迁回南通，恢复医学。
1952南通学院医科改造为公立医学院，定名苏北医学院。1956南通医学院年改名。
1957年南通医学院迁往苏州,改名苏州医学院，同时，在南通建立苏州医学院南通分部。
1958南通分公司改为南通医学院。1958年，南通医学院由江苏省管理。
19782000年9月，隶属关系由交通部和江苏省双重领导，主要由交通部领导。自2000年2月起，南通医学院由交通部转移到江苏省人民政府，实行中央和地方政府共同建设的地方管理制度。
南通工学院原名南通纺织染色传播学院，成立于1912年4月。1913年9月更名为南通私立纺织学院，是中国第一所纺织学院。
1927南通纺织大学改为年。
19282000年，它与医学和农业科学合并为私立南通大学。1930年是南通大学纺织科。1952年，当全国高校系调整时，南通大学纺织科迁至上海，并入华东纺织工程学院。
19772012年12月，经省人民政府同意，南京工学院南通分院成立。1979年1月，经国务院批准改为南通工业学院。
19802007年7月，部批准，省政府更名为南通纺织学院。19851月，经国务院批准，省人民政府升格为南通纺织学院。1995年9月，经国家教委批准，更名为南通工学院。
南通师范学院是原南通师范学院和南通教育学院于1999年3月经教育部批准合并的本科院校。南通师范学院成立于1958年，1962年停业。
19762012年12月，经省政府批准，以扬州师范大学南通分校名称恢复办学。1979年2月，经国务院批准，南通师范大学校名恢复。
南通教育学院前身为南通教师学院和南通教师学院。南通教师学院于1959年经省教育厅批准成立，1963年暂停。
19822003年3月，经省政府同意，南通教师学院和南通教师学院成立。1983年3月，南通市委决定合并两所学院，建立新的南通教师学院。
同年7月，经省政府批准，南通教师学院被命名为南通教育学院。
20042008年5月18日，经教育部批准，南通医学院、南通理工学院、南通师范学院合并成立了南通大学。
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