1947年初，为支援东北解放战争的需要，辽东军区卫生部部长王布君遵照上级指示筹备成立了大连医学院，是抗战胜利后中国共产党创办的第一所正规医学院校。4月，学校更名为关东医学院。
1949年4月，大连大学创建，关东医学院被并入大连大学，改名为大连大学医学院。
1950年7月，大连大学撤销，成立大连医学院。
1953年，学校成为卫生部直属高校。
1955年，开始招收研究生。
1965年，为支持“三线建设”，改变黔北缺医少药的现状，经中国共产党中央委员会、国务院研究决定，将大连医学院整体南迁至遵义，并于1966年初着手筹建。
1969年5月9日，第一列南迁专列火车抵达遵义，从此，大连医学院更名为遵义医学院。
1980年9月，为支持大连医学院复办，教育部、卫生部决定部分遵义医学院职工陆续北调大连和沈阳。
1981年，学校成为全国首批硕士学位授权单位。
1999年，学校开始与重庆医科大学联合培养博士研究生。
2001年，经贵州省批准，学校与珠海市正式签约建设遵义医学院珠海校区，于2002年夏季落成并投入使用。
2003年9月，广东省珠海市斗门区人民医院正式挂牌为遵义医学院附属第五（珠海）医院。
2005年1月，学校创办遵义医学院医学与科技学院。
2006年，学校成为上海中医药大学联合培养博士研究生基地。
2008年4月，获教育部高等学校本科教学工作水平评估优秀学校称号。
2010年8月，被认定为新增开展硕士推免生工作高校。
2011年，学校开始与上海交通大学联合培养麻醉学专业博士研究生。
2012年11月，学校入选教育部、卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。
2013年，学校成为国家首批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。
2015年12月，学校启动校区搬迁工作，迁至新浦校区。
2016年6月，学校与中国高科集团签署合办遵义医学院医学与科技学院的协议。10月，国家卫生和计划生育委员会与贵州省人民政府签订协议共建遵义医学院。同年，入选中西部高校基础能力建设工程。
2017年，药学获得贵州省国内一流学科立项建设，临床医学获得贵州省区域内一流学科立项建设。
2018年12月，教育部同意遵义医学院更名为遵义医科大学。由该校参与举办的遵义医学院医学与科技学院也随之更名为遵义医科大学医学与科技学院
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