南洋医学院的前身是创建于1951年的南洋卫生学校。2004年，经教育部批准，升格为南洋医学院。2006年，南阳市委市政府整合南阳医学教育资源，将张仲景中医药大学、南阳中医学院合并为南阳医学院，形成了中医日益厚重、中西医并举、医养技能齐全的办学格局。目前，学校占地面积1316亩，建筑面积51.42万平方米；教学仪器设备总值1.33亿元；图书馆总藏书175万册，其中纸质图书123万册，电子图书52万册，中外文期刊1300余种。学校有党政机构20个，教学部(系、学院)14个，辅助教学机构6个。设有临床医学、护理、中药学、药学等20个专业，与美国卡姆登学院、美国哈森大学、菲律宾埃米利奥学院、日本大阪自青书院等联合举办护理、药学、口腔医学等8个涉外专业。学校现有专任教师842人，其中高级专业技术职务390人(高正籍111人)，硕士以上学历教师448人(其中博士15人)，外籍文教专家6人。5人被聘为高校硕士、博士生导师。“双师型”教师388人，占专任教师的55.99%。
学校有15个专业科研机构，其中市级以上科研机构7个。还拥有设备先进、功能配套的科研实验中心，占地面积2300平方米。拥有国家二级科研实验室和河南省博士后研发基地。人体科学博物馆、中医博物馆国内一流，仲景文化博物馆独树一帜，艾滋病解剖标本填补国内外空白。中国解剖学会创办的“中国解剖网”已被确定为专门网站。055-79000是全国性期刊。
学校拥有1个国家级示范实训基地和5个省级示范实训基地。省级专业5个，河南省教改试点专业2个，河南省高校综合改革试点专业5个，中央重点支持建设专业2个；全国高职院校卫生服务示范专业1个。3个教学团队被确定为河南省教学团队建设项目。3门课程被评为省级优秀资源共享课程，1门课程被评为全国优秀在线开放课程，3门课程被认定为国家文化遗产资源库建设项目，2门课程被认定为立体化教材建设项目；示范实训基地5个，综合示范实训基地2个。2017年，河南省创新行动发展计划项目12个。国家授权专利596项；国家中医药管理局3个项目；国家中医药管理局中标中医药科技专项。曾获河南省高等教育教学成果特等奖1项，中华医药科技二等奖1项，湖北省科技成果二等奖1项。学校已成功申报国家自然科学基金项目3项，连续三年入围。2008年在教育部人才培养水平评估中被评为优秀；2013年顺利通过第二轮人才培养评估，22项评估指标全部优秀。
国家授权专利596项；国家中医药管理局3个项目；国家中医药管理局中标中医药科技专项。曾获河南省高等教育教学成果特等奖1项，中华医药科学二等奖1项
学校有三所直属医院。一附院是国家三级甲等医院，河南省住院医师规范化培训基地和河南省全科医师培训基地，开放床位1800张。有6个省级重点培养学科，15个市级临床重点专科，5个市级临床专科。2016年率先成立医疗集团，成员单位60家。二附院是以中医为特色、中西医结合的国家三级甲等中医医院。是河南省全科医生培训基地，床位1000张。2017年，率先成立专科共建联盟，成员单位136家。三附院是以眼科、微创外科为特色的国家二级甲等综合医院，南阳市城乡一体化示范区人民医院，床位500张。2017年在城乡一体化示范区率先成立人民医院医疗共同体，目前已有5家医院加入。三所附属医院都有比较完善的实验实训场所。学校建立了100个稳定的校外实习基地，其中“三甲”医院35个，保证了临床教学和生产实习。学校与武汉大学医学院、千金方集团、三通农业科技开发有限公司等单位在药物生产研发、技术服务、人才培养等领域开展了深度合作。形成比较完整的校企合作培养体系。
学校先后获得河南省文明学校、河南省职业教育先进单位、河南省十大品牌学校、河南省十大最满意职业院校、河南省文明单位标兵、河南省职业教育品牌示范学校、河南省优质院校项目建设单位等百余项荣誉称号。2018年5月，广州日报数据与数字化研究院对全国1388所高职院校进行排名，学校综合指数排名医学类第一，教育竞争力指数排名全国第二。近日，在中国科学教育评估研究院2018年全国高职院校排名中，学校综合排名医学类第二，科研影响力全国第二。
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