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济宁医学院包含临床学院等23个学院，涵盖临床医学、中西医临床医学等核心专业。学校提供多元化教育及实践机会，注重生物医学工程等领域的科研与学科建设。此外，还包括继续教育学院、外语教学部等部门。

济宁医学院现有23个学院，包括临床学院、基础学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、信息工程学院、药学院、管理学院、法医学与医学检验学院、口腔科、医学影像科、生物科学系、社会科学系、外语教学部、继续教育学院。
济宁医学院的核心专业有：临床医学、临床医学、中西医临床医学、康复治疗、法医学、预防医学、食品质量与安全、护理学、医学检验、口腔医学、医学影像学、应用心理学、生物技术、生物工程、药学、中药、药物制剂、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、生物医学工程、软件外包、物联网工程。