江西生物技术职业学院设有动物科学系、畜牧兽医系、饲料与动物营养系、水产养殖系、计算机科学系、计算机网络技术系、动画设计与制作系、装饰艺术设计系、机电工程系等24个学院。
江西生物技术职业学院的核心专业有:微生物学、生物化学、发酵工程与设备、生物工程下游技术、药物生产与检测、生物制品与生产技术、细胞工程、生物实验室诊断技术、动物生化制品制备技术、酶制剂的生产与应用、动物解剖与生理、动物微生物学、动物营养与饲料加工、畜禽遗传育种、动物病理药理学、兽医临床诊断技术、猪病防治、家禽养殖与禽病、 养牛与牛病、动物防疫与检疫、动物微生物学、鱼类解剖与生理学、水产生物学、鱼类学、池塘养殖、鱼类组织胚胎学、水产动物营养与饲料、特种水产养殖、内陆水域水产养殖、水产动物疾病与防治、计算机操作系统、计算机组成原理、文字处理、数据库、汇编语言编程等等
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