四川中医学院有核技术与自动化工程学院等20个学院；商学院；中澳旅游与酒店管理学院；信息工程学院；四川中医学院；材料化学与化学工程学院；信息管理学院；网络教育学院；体育系；沉积地质学研究所；工程技术学院；文法学院；外国语学院；传播与艺术学院；继续教育学院；广播电影电视学院；研究生部；地球科学学院；能源学院；环境与土木工程学院等。
四川中医学院的核心专业有：测控技术与仪器、核工程与技术、辐射防护与环境工程、工程结构分析、空间信息与数字技术、机械工程及其自动化、核化学工程与核燃料工程、电气工程及其自动化、计算机科学与技术、信息工程、软件工程、建筑学、土木工程、应用化学、地质学、地球化学、资源与环境与城乡规划管理、地理系统、地球物理学、测绘工程、 环境工程、化学制药工业、生物工程、通信工程、核技术、新能源材料与器件、风景园林、经济学基础课、经济学、国际经济与贸易、信息管理与信息系统、工业工程、工程管理、工商管理、市场营销、会计学、财务管理、旅游管理、电子商务、土地资源管理、人力资源管理。 会展经济与管理、会展经济与管理、政治学与行政学、法学、社会学、地理学、数学与应用数学、信息与计算科学、化学、电子信息科学与技术、应用物理学、日语、广播电视新闻学、英语、广告学、物联网工程、地下水科学与工程、遥感科学与技术、思想政治教育、数字媒体技术、石油工程、勘探技术与
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