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沈阳医学院设有多个教学单位，包括基础医学院、公共卫生学院等，以及高等职业技术学院和独立学院。该校共有9个本科专业和12个医学高职专业，涵盖临床医学、预防医学、护理学、医学检验等领域。

沈阳医学院设有基础医学院、公共卫生学院、护理学院、临床学院、社科系、外语系、体育部、信息技术中心、实验动物研究中心等教学单位，另有高等职业技术学院、成人教育学院、独立学院(沈阳医学院何氏视科学学院)等院系。
沈阳医学院现有临床医学、预防医学、护理学、医学检验、麻醉学、医学影像学、视光学、口腔医学、公共事业管理等9个本科专业。12个医学高职专业，包括护理、康复技术、口腔医学技术、社区康复、视光技术、医学检验技术、医学美容技术、卫生检验检疫技术、医学影像技术、医学生物技术、医药营销、药学。