云南农业大学有十六个学院，包括植物保护学院；工程技术学院；风景园林学院；职业技术学院；基础信息工程学院；资源与环境学院；烟草学院；食品科学与技术学院；水利与建筑学院；经济与贸易学院；普洱茶学院；社会科学学院；外国语学院；体育学院；成人教育学院；农学院；生物技术学院；动物科技学院等。
云南农业大学的核心专业有：计算机科学与技术、农业资源与环境、风景园林、森林资源保护与游憩、草业科学、食品质量与安全、食品科学与工程、食品科学与工程(养蜂学与蜂产品加工方向)、车辆工程、土木工程、网络工程、建筑环境与设备工程、生物技术、资源与环境与城乡规划管理、动植物检疫(植物检疫方向)。应用化学、英语、土木工程(高职本科)、给排水科学与工程、建筑环境与能源应用工程、种子科学与工程、蚕业、农业、园艺(高尔夫球场管理方向)、茶学(茶道方向)、植物保护、水土保持与荒漠化治理、动物科学、动物科学(饲料科学与工程方向)、动物医学、动物医学(动物检疫方向农业科学与工程、养蜂学、森林保护与游憩、经济学、机械设计制造及其自动化、 水利水电工程、电子信息工程、环境工程、行政管理、旅游管理、工业工程、信息管理与信息系统、农村区域发展、农林经济管理、农林经济管理(特有民族班)、电子商务、土地资源管理、社会工作、社会体育指导与管理、烟草、烟草电气工程及其自动化、农业水利工程、农业建筑环境与能源工程、农业机械化及其自动化、体育、秘书学、数学、应用数学等几十个本科专业， 资源、环境与城市规划管理、环境科学、人文地理与城乡规划、能源与动力工程、越南语、公共事业管理、工程管理、工程造价、建筑学、中药材种植与鉴定。
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