吉首大学有23个学院，包括化学工程学院；软件外包学院；师范学院；张家界学院；旅游管理工程学院；生物和环境科学学院；商学院；法律和公共管理学院；历史文化学院；美术学院；城乡资源与规划学院；数学和统计学院；体育学院；外国语学院；物理机电工程学院；医学院；音乐学院；国际交流和公共外语教育学院；马克思主义学院；民族预科学院；继续教育学院；文学和新闻学院；信息与工程学院等。
吉首大学专业有计算机科学与技术、材料科学与工程、制药工程、医学影像、通信工程、环境工程、化学工程与工艺、食品科学与工程、生物工程、网络工程、城市规划、食品质量与安全、植物科学与技术、学前教育、土木工程、信息管理与信息系统、工商管理、市场营销、会计、旅游管理、公共事业管理等等。工业管理、法学、思想政治教育、初等教育、信息与计算科学、电子信息科学与技术、数学与应用数学、物理、化学、应用化学、生物科学、环境科学、资源、环境与城乡规划管理、英语、日语、外国语言文学、汉语言文学、新闻学、历史学、临床医学、护理学、针灸推拿学、电子信息工程等。
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