石河子大学现设置有二十二个学院含文学艺术学院；商学院；药学院；农学院；动物科技学院；经济与管理学院；政法学院；体育学院；兵团教育学院；生命科学学院；机械电气工程学院；水利建筑工程学院；理学院；师范学院；信息科学与技术学院；化学化工学院；食品学院；医学院；马克思主义学院；外国语学院；科技学院；成职教育学院等学院。
石河子大学的核心专业设置有护理学、中药学、动物医学、临床医学、药学、经济学、生物科学、预防医学、口腔医学、医学影像学、医学检验、农业资源与环境、园林、公共事业管理、农林经济管理、物流管理、旅游管理、审计学、电子信息工程、计算机科学与技术、电气工程及其自动化、土木工程、给水排水工程、食品科学与工程、农业机械化及其自动化、工业工程、机械设计制造及其自动化、化学工程与工艺、农业水利工程、建筑学、水利水电工程、食品质量与安全、环境工程、材料科学与工程、种子科学与工程、设施农业科学与工程、国际经济与贸易、金融学、经济学、统计学、信息管理与信息系统、工商管理、市场营销、会计学、财务管理、电子商务、人力资源管理、农学、园艺、植物保护、林学、思想政治教育、法学、政治学与行政学、教育学、体育教育、运动训练、资源环境与城乡规划管理、应用心理学、学前教育、地理科学、教育技术学、科学教育、数学与应用数学、物理学、化学、生物科学、生物技术、应用化学、地理信息系统、信息与计算科学、轻工纺织食品、应用物理学、生物科学、生物技术、汉语言文学、广播电视新闻学、音乐学、美术学、英语、俄语、汉语言（维语方向）、艺术设计学、英语（商务英语方向）、汉语言、数控技术、机电一体化技术、旅游管理、建筑工程技术、护理、药学、工商管理、历史学、动物科学等专业。
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