牡丹江医学院有教育技术与信息中心;临床医学系;护理系;药学部;成人教育学院;第一附属医院(红旗医院);第二附属医院;基础医学系;社会科学部;外语系;体育系;卫生管理学院;临床医学系;医学影像学院。
牡丹江医学院的专业有:信息与计算科学、物理、化学、生物科学、生物技术、地理科学、资源与环境与城乡规划与管理、应用心理学、英语、日语、俄语、药物制剂、预防医学、药学、医学检验、麻醉学、护理学(理工)、口腔医学、医学影像学、临床医学、护理学、康复治疗学等。
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