温州医科大学有10个学院,包括:眼科学院;第一临床医学院;口腔医学院;环境和公共卫生学院;温州医学院第一附属医院;温州医学院第二附属医院信息;工程学院;国际教育学院;温州医学院附属口腔医院;温州医学院附属视光医院等科室。
温州医科大学的核心专业有:药学生物医学工程、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、电子信息工程、公共事业管理、公共管理、劳动与社会保障、法学、运动人体科学、生物科学、海洋科学、环境科学、应用心理学、市场营销、医学、预防医学、临床医学、麻醉学、医学影像、医学检验、眼科。
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