哈尔滨医科大学有周年校区等16个学院；基础医学院；公共卫生学院；药学院；卫生管理学院；生物信息学院；社会科学系；研究生院；成人教育学院(继续教育学院)；五所临床医学院(附属医院)；口腔医学院；护理学院等附属单位。中国疾病预防控制中心地方病控制中心；国家新药临床试验和研究中心；卫生部俄语培训中心；中国医学科学院黑龙江分院；黑龙江省医学科学院等高校。
哈尔滨医科大学的专业有麻醉学、护理学、公共事业管理、法学、科学生物信息学、临床医学、基础医学课程、临床药学、医学影像、口腔医学、中医、药学、卫生监督、市场营销、预防医学、基础医学、信息管理与信息系统、生物技术、药物制剂、康复治疗、医学检验、精神病学等等。学校拥有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学、生物医学工程、药学、公共管理等7个一级学科博士学位授权点。博士后科研流动站5个，博士后科研流动站2个，两个学科57个博士学位授权点；两个学科61个硕士学位授权点。
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