哈尔滨工程大学有动力与能源工程学院等23个学院；国际学院；外语系；航空航天建筑与工程学院；社会科学学院；核科学与技术学院；水下声学工程学院；思想政治理论课教研室；理学院；继续教育学院；自动化学院；体育部；计算机科学与技术学院；工程训练中心；机电工程学院；国防学院和武装部队部；信息与通信工程学院；软件学院；经济与管理学院；国家保密研究所；材料与化学工程学院；造船学院和其他学院。
哈尔滨工程大学专业为核工程与技术、自动化、测控技术与仪器、热能与动力工程、核化工与核燃料工程、思想政治教育、电子信息工程、通信工程、计算机科学与技术、电气工程及其自动化、土木工程、建筑环境与设备工程、给水排水工程、水利水电工程、港口航道与海岸工程、飞行技术、环境工程、化学工程与技术、交通运输、工程、 船舶与海洋工程、飞行器设计与工程、探测制导与控制技术、水利、材料科学与工程、电气信息、海洋工程、信息对抗技术、工程力学、生物医学工程、探测制导与控制技术、软件工程、材料科学与工程、电子科学与技术、飞行器动力工程、机械电子工程、电气信息(国内外)、海洋工程(国内外)质量与可靠性工程、物联网工程、光电材料与器件、水声工程、经济学、 国际经济与贸易、金融学、经济学、工商管理、电子商务、公共事业管理、政治学与行政学、法学、信息与计算科学、数学与应用数学、材料物理学、电子信息科学与技术、光学信息科学与技术、工业设计(艺术)、艺术
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