西南交通大学有交通运输与物流学院等28个学院；电气工程学院；茅以升学院；地球科学与环境工程学院；外国语学院；物理和技术学院；材料与工程学院；建筑学院；艺术与传播学院；数学学院；成人教育学院；公共管理学院；政治学院；思想政治教育教研室；体育工作部；信息和技术学院；计算机与通信工程学院；网络教育学院；机械与工程学院；生物与工程学院；生物工程系；经济与管理学院；加拿大高等教育部基金会；研究和咨询中心；科技学院；土木工程学院；机械工程学院等。
西南交通大学的核心专业有：材料成型及控制工程、机械工程及其自动化、生物信息学、应用心理学、文学与汉语言文学、新闻学、传播学、车辆工程、应用物理学、测控技术与仪器、热能与动力工程、计算机科学与技术、通信工程、自动化、遥感科学与技术、交通运输、消防工程、机械设计制造及其自动化、电子科学与技术、信息工程。电气及其自动化、土木工程、建筑环境与设备工程、生物医学工程、环境工程、交通设备信息工程、生物工程、制造工程、风景园林设计、网络工程、软件工程、计算机软件、电子信息工程、物联网工程、森林资源与保护与游憩、金融学、经济学、国际经济与贸易、信息管理与信息系统、工业工程、工程管理、工商管理等。市场营销、电子商务、旅游管理、会计学、物流管理、法学、政治学与行政学、思想政治教育、理科数学与应用数学、信息与计算科学、地理信息系统、信息安全、微电子学、电子信息科学与技术、统计学、艺术设计、绘画、音乐表演、英语、日语、安全工程、物流工程、建筑学、制药工程。结构分析、测绘工程、交通工程、德语、法语、对外汉语、材料、机械、电气信息、工程力学、土木工程、电子信息科学、翻译、中医、地质工程、工业设计、材料科学与工程等几十个本科专业。
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