中国科学技术大学有16个学院，包括中国科学技术大学数学科学学院；中国科学技术大学物理学院；中国科学技术大学化学与材料科学学院；中国科学技术大学生命科学学院；中国科学技术大学工程科学学院；中国科学技术大学信息科学与技术学院；中国科学技术大学计算机科学与技术学院；中国科学技术大学地球与空间科学学院；中国科学技术大学管理学院；中国科学技术大学人文社会科学学院；中国科学技术大学核科学与技术学院；中国科学技术大学环境科学与光电技术学院；中国科学技术大学软件学院；中国科学技术大学公共事务学院；中国科学技术大学网络教育学院；中国科学技术大学苏州研究院等学院。
中国科学技术大学的核心专业有：材料科学与工程、复合材料与工程、机械设计与制造及其自动化、机械设计及其自动化、热能与动力工程、能源与动力系统及其自动化、电子信息科学、工程力学、工程力学方向、安全工程、核工程与技术、能源与动力、管理科学与工程、数学与应用数学、物理学、物理学国防生、化学、地球物理系国防生、理论与应用力学、 电子信息科学与技术、材料科学、环境科学、生物科学、地球物理、材料化学、地球化学、科学实验课、数学、电子信息科学、材料科学、物理、化学、生物科学、力学基础课、力学、生命科学与技术基础课、通信等几十门本科课程。
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