复旦大学设有三十二个学院含有复旦学院（本科生院） ；复旦大学法学院；复旦大学历史学系；复旦大学国际关系与公共事务学院；复旦大学旅游学系；复旦大学经济学院；复旦大学管理学院；复旦大学力学与工程科学系；复旦大学生命科学学院；复旦大学基础医学院 ；复旦大学公共卫生学院；复旦大学药学院；复旦大学护理学院；复旦大学社会发展与公共政策学院；复旦大学数学科学学院；复旦大学上海医学院（医科管理机构）；复旦大学研究生院 ；复旦大学中国语言文学系 ；复旦大学新闻学院；复旦大学哲学学院；复旦大学高分子科学系；复旦大学环境科学与工程系；复旦大学信息科学与工程学院；复旦大学软件学院；复旦大学材料科学系；复旦大学文物与博物馆学系；复旦大学外国语言文学学院；复旦大学国家保密学院；复旦大学计算机科学技术学院；复旦大学物理学系；复旦大学化学系；复旦大学国际文化交流学院等学院。
复旦大学核心专业设置有：历史学、文物与博物馆学、计算机科学与技术、电气工程与自动化、软件工程、飞行器设计与工程、生物医学工程、电子科学与技术、电气工程及其自动化、化学、财政学、经济学、理论与应用力学、光信息科学与技术、数学、理科实验班、理科试验班、自然科学试验班、力学、技术科学试验班、汉语言文学、汉语言、新闻学、广播电视新闻学、广告学、传播学、英语、俄语、朝鲜语、日语、德语、法语、翻译、中国语言文学、新闻传播学、电子信息科学、历史学、国际经济与贸易、博物馆学、基础医学、预防医学、临床医学、法医学、护理学、药学、药物制剂、医学试验班、高分子材料与工程、电子信息工程、电子信息科学与技术、微电子学、光信息与技术、材料物理、材料化学、环境科学、心理学、统计学、生物技术、生物科学、生物化学与分子生物学、信息安全、通信工程、管理科学与工程、经济管理试验班、法学、社会学、政治学与行政学、国际政治、思想政治教育、社会工作、社会学、社会科学试验班、金融学、保险、经济学、信息管理与信息系统、管理科学、市场营销、会计学、财务管理、旅游管理、行政管理、公共事业管理、工商管理、人文科学试验班、哲学、宗教学、哲学、信息与计算科学、数学与应用数学、物理学、化学、应用化学、核技术、材料科学、文科试验班、理科试验班等几十个本科专业。
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