上海交通大学设有三十五个学院含有上海交通大学船舶海洋与建筑工程学院；上海交通大学软件学院；上海交通大学国际与公共事务学院；上海交通大学微电子学院；上海交通大学媒体与设计学院；上海交通大学材料科学与工程学院；上海交通大学药学院；上海交通大学机械与动力工程学院；上海交通大学人文学院；上海交通大学核科学与工程学院；上海交通大学安泰经济与管理学院；上海交通大学化学化工学院；上海交通大学体育系；上海交通大学环境科学与工程学院；上海交通大学交大密西根学院；上海交通大学电子信息与电气工程学院；上海交通大学中欧国际工商学院；上海交通大学信息安全工程学院；上海交通大学凯原法学院；上海交通大学外国语学院；上海交通大学理学院数学系；上海交通大学马克思主义学院；上海交通大学理学院物理与天文系；上海交通大学农业与生物学院；上海交通大学塑性成形工程系；上海交通大学生命科学技术学院；上海交通大学航空航天学院；上海交通大学生物医学工程学院；上海交通大学上海高级金融学院；上海交通大学创业学院；上海交通大学医学院；上海交通大学继续教育学院；上海交通大学致远学院；上海交大 巴黎高科卓越工程师学院等学院。
上海交通大学核心专业设置有：临床医学、药学、材料学、机械设计制造及其自动化、工业设计、测控技术与仪器、自动化、热能与动力工程、计算机科学与技术、核工程与核技术、机械、公共事业管理、法学、广播电视新闻学、传播学、艺术设计、播音与主持艺术、德语、英语、日语、汉语言文学、广播影视编导、电气信息类（中外合作办学）、管理科学与工程、土建、数学与应用数学、应用物理学、应用化学、信息安全、光信息科学与技术、光信息与技术、微电子学、资源环境科学、环境科学、物理学、化学、生物科学、生命科学与技术基地班、生物科学、化学、电子信息科学、理科试验班、物理学、植物生物技术、动物生物技术、生物技术、数学基地班、电气信息、电子科学与技术、海洋工程、航空航天工程、园林、环境生态、国际经济与贸易、金融学、经济学、信息管理与信息系统、工业工程、工商管理、船舶与海洋工程、电气工程与自动化、信息工程、软件工程、食品科学与工程、建筑学、港口航道与海岸工程、化学工程与工艺、土木工程、环境工程、交通运输、工程力学、生物医学工程、生物工程、机械类（中外）、电气信息类（中外）、材料科学与工程、机械工程及自动化、环境科学与工程、会计学、人力资源管理、公共管理、旅游管理、行政管理、机械类（中外合作办学）、经济学、工科试验班、数学等几十个本科专业。
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