重庆医科大学有22个学院设有实验教学管理中心;信息管理部;医学检验学院;外国语学院;生物医学工程学院;体育工作部;第一临床学院;护理学院;麻醉科;医学影像系;卫生学校;第二临床学院;儿科学院;口腔医学院;第五临床学院;中医学院;思想政治教育学院;生命科学研究所;分子医学检测中心;基础医学院;公共卫生和管理学院;药学院等。
重庆医科大学的核心专业有:健康检查、康复治疗、中医、法医学、护理学、医学检验、针灸推拿学、营养学、临床药学、生物医学工程、药学、中药学、基础医学、口腔医学、信息管理与信息系统、公共事业管理、生物技术、英语、药物制剂、应用心理学、预防医学、临床医学、麻醉学等等。
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