甘肃农业大学有16个学院，包括草学院；资源与环境学院；动物医学院；动物科学与技术学院；经济与管理学院；人文学院；农学院；生命科学与技术学院；食品科学与工程学院；信息技术学院；林业学院；理工学院；理学院；外国语学院；继续教育学院。
甘肃农业大学的核心专业有：计算机科学与技术、水利水电工程、交通运输、食品科学与工程、食品质量与安全、生物工程、农业机械化及其自动化、农业建筑环境与能源工程、农业工程、农业资源与环境、经济学、金融学、信息管理与信息系统、土木工程、生物技术(生物制品)、应用统计学、材料化学、农业水利工程、制造及其自动化、草业科学(草坪管理)、动物医学(兽医公共卫生)、 动物科学(畜牧兽医方向)、农业电气化、种子科学与工程、设施农业科学与工程、水产养殖、农学、园艺、植物保护、草原学、林学、园林学、地理信息系统、生物技术、人文地理与城乡规划、地理信息科学、水土保持与荒漠化。 市场营销、财务管理、公用事业管理、土地资源管理、农林经济管理、农村区域发展、劳动与社会保障、农林经济管理(基础班)、法学、文秘教育、资源、环境与城乡规划管理、应用化学、资源、环境与城市规划管理、生物技术(植物方向)、生物技术(动物方向)、文学英语、汉语言文学、秘书学。电气工程及其自动化、统计学、中药材栽培与鉴定、电子信息工程、环境工程、农业电气化及其自动化、机械设计制造及其自动化、葡萄与葡萄酒工程等几十个本科专业。
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