内蒙古医科大学有公共卫生学院等18个学院；蒙古医药学院；鄂尔多斯分公司；思想政治理论教研室；卫生管理学院(自治区卫生政策研究所)；外国语学院；体育系；研究生院；国际教育学院；继续教育学院；临床医学系；计算机信息学院；护理学院(卫生技术学院)；基础医学院；药学院；中医学院和其他学院。
内蒙古医科大学的核心专业有：针灸推拿、工商管理、广告设计与制作；护理学、电子信息工程技术、农学数控技术、信息管理与信息系统、公共事业管理、药学、中药、预防医学、药物制剂、蒙医、临床医学与医学技术、中医学、护理学(蒙学)、工程制药工程、应用化学技术、煤炭深加工与利用、石油化工生产技术、化工设备维修技术、材料工程技术。煤质分析技术、电力系统自动化技术、电气自动化技术、火电设备及应用、高分子材料应用技术、环境监测与评价、食品加工技术、生产过程自动化技术、精细化学品生产技术、机电一体化技术、建筑装饰工程技术、化学制药技术、建筑装饰材料与检测、市场营销、会计电算化、会计与审计、物流管理、旅游管理、电子商务、生物学、应用心理学、心理学(中外合作办学)、计算机应用技术、食品营养与检测、计算机控制技术、计算机网络技术、 文学英语、蒙医、临床医学、医学检验技术、药物制剂技术、蒙医、法医学、口腔医学、中医、视光技术、生物科学、药学、药剂学、临床医学、麻醉学，等等。
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