大连海事大学有环境科学与工程学院等19个学院;海洋工程学院;信息技术学院;航运发展研究所;运输设备与海洋工程学院;法学院;数学系;物理系;专业学位教育学院;高级运输研究学院;继续教育学院;外国语学院;公共管理和人文学院;马克思主义学院;体育工作部;海事训练和研究中心;船舶导航系统国家工程研究中心;运输管理学院;航海学院等。
大连海事大学专业为通信工程、电子信息工程、计算机科学与技术、社会工作、统计学、电气工程及其自动化、软件工程、环境工程、传感器网络技术、热能与动力工程、地理信息系统、自动化、交通运输、轮机工程(船舶机器制造方向)、船舶电子电气工程、物流工程、机械设计制造及其自动化、救捞工程、测控技术与仪器、网络工程、土木工程、航海技术、船舶与海洋工程、 轮机工程(轮机工程管理方向)、政治学与行政学(交通行政管理方向)、信息管理与信息系统、工商管理、市场营销、财务管理、旅游管理、电子商务、行政管理、公用事业管理、船舶电子电气工程、智能科学与技术、电子信息科学与技术专业、测控技术与仪器专业、信息工程、国际经济与贸易、经济学、物流管理、审计学、工商管理、航运管理、公共管理、救捞工程、 旅游管理(邮轮与游艇管理)、法学(海商法)、法学(国际经济法)、社会工作(海事社工)、政治学与行政学、信息与计算科学、应用物理学、电子信息科学与统计学、海洋生物资源与环境、文学、汉语言文学、英语、日语、法学、海洋工程、热能与动力工程、光电信息工程、地理信息系统、海洋生物资源与环境、哲学、海事管理、材料科学与工程、自动化等几十个专业。
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