山西农业大学设置有23个学院含资源环境学院；园艺学院；文理学院；中德学院；运城农学院；工程技术学院；食品科学与工程学院；公共管理学院；现代教育技术学院；体育教学部；研究生学院；成人教育学院；信息学院；经济贸易学院；生命科学学院；太原园艺学院；太原畜牧兽医学院；平遥机电学院；农学院；动物科技学院；林学院；原平农学院；朔州职业技术学院等学院。
山西农业大学核心专业设置有：生物工程、旅游管理、软件工程、网络工程、劳动与社会保障、农业机械化及其自动化、农业建筑环境与能源工程、食品科学与工程、生物工程、制药工程、机械类（中外）、交通运输、中药资源与开发、机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、电气工程及其自动化、农业水利工程、食品质量与安全、城市规划、农学、园艺、植物保护、草业科学、林学、园林、农业资源与环境、动物科学、动物医学、水产养殖学、水土保持与荒漠化防治、草业科学、农林经济管理、农村区域发展、公共事业管理、法学、农艺教育、园艺教育、动物医学、种子科学与工程、国际经济与贸易、经济学类（中外）、信息管理与信息系统、市场营销、行政管理、土地资源管理、动植物检疫、信息与计算科学、地理信息系统、环境科学、生物科学、生物信息学、生物技术、生物科学、环境科学、生态学、电子信息科学与技术、生物科学类（中外）、艺术设计、英语、土木工程等专业。
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