1950年，中央军委决定东北军区炮六师、四野后勤二分部四大站、西南军区特纵炮兵十团合并，在青岛组建中国人民解放军海军海岸炮兵学校。 8月24日，由中央军委正式命名成立“中国人民解放军海军海岸炮兵学校”。10月9日开学。
1951年3月2日，中央军委决定将“中国人民解放军海军海岸炮兵学校”改为“中国人民解放军海军炮兵学校”。
1952年9月，海军炮校迁址烟台。
1959年7月，海军炮校与海军训练基地训练团和空军15航校海军系合并组建特种技术学校。
1960年12月24日，国防部命令，海军炮兵学校改建为“中国人民解放军海军高级专科学校”。
1961年，海军高专升格为军级单位。
1970年1月，将校址迁往南京，3月改称第三海军学校。
1974年9月，迁往辽宁锦西。
1975年6月，改称海军第二炮兵学校，
1978年1月，改称海军第二炮兵学院。
1979年4月，学院被国务院列入全国重点高等院校。
1985年，学院开始招收硕士研究生。
1986年6月，海军第二炮兵学院与海军第一、第二航空机务学校调整合并，改建为海军航空工程学院（烟台）和海军航空技术专科学校（青岛）。校址由锦西迁回烟台海军炮兵学校旧址，获硕士学位授予权。
1999年5月，海军航空技术学院并入海军航空工程学院，改建为青岛分院。学院获工程硕士专业学位授予权。
2000年，学院获博士学位授予权，被总部授予“全军院校教学优秀单位”。
2001年，开始招收项目博士后研究人员。
2003年，学院建立博士后科研流动站，同年被总部列为全军二十二所学历教育院校之一。
2010年，学院被总部授予“全军院校教学优秀单位”。
2011年，学院被总部列为全军十六所学历教育院校之一。
2013年，学院被总部评为“全军中国特色社会主义理论体系教学先进单位”。
2017年，军队院校调整改革，中国人民解放军海军航空大学由海军航空兵学院和海军航空工程学院重组而成。
中文名称中国人民解放军海军航空工程学院
类别公立大学
所属地区中国山东
现任校长王天林
创办时间1950年
学校类型军事类
政委 王军东
学校代码90039
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