药学院经过48年的建设和发展，药学教育取得了较大的发展，现为中国自然资源学会药用资源专业委员会、江苏省中医药学会药学分会和江苏省方剂研究重点实验室挂靠单位。设有中药学、药学、药理学和药物化学四个系，内含基础化学、药物分析、药物化学、药理学、中药资源学、中药鉴定学、中药炮制学、药剂学、药事管理学、制药工程学、生物制药学、临床药学等十二个教研室和一个药学（化学）省级实验教学示范中心，同时还设有药物研究所、新药研究开发中心、仪器测试中心及中药标本馆。药学院现设有五个本科专业（中药学、药学、制药工程、药物制剂、中药资源与开发）和五个本科专业方向（中药药理学、临床药学、食品与药品检测、生物制药、中药制药），其中中药学学科为国家重点学科，国家教育部一类特色专业建设点，中药制药学学科为国家中医药管理局重点学科，中药炮制学为江苏省精品课程。
药学院现设有中药学博士后流动站，中药学一级学科博士点，中药药剂学、中药炮制学、中药药理学、中药化学与分析学及中药资源与鉴定学五个二级学科博士点，还设有中药学、生药学、药理学和药剂学四个硕士点，各学位点综合实力在全国排名均名列前茅。现有博士生导师17名，正教授22人，副教授24人，享受国家政府津贴专家8名。还拥有国家级有突出贡献的中青年专家和全国百千万人才工程、全国优秀教师、江苏省“333”人才工程，江苏省青蓝工程中青年学术带头人、江苏省六大人才高峰培养对象等一批优秀的中青年杰出人才，他们共同组成了药学院高水平的师资队伍。
学院还十分重视教学实验和科研实验室建设，拥有一批先进的仪器设备，如红外分光光度计、高效液相色谱仪、气相色谱仪、GC/MS和LC/MSn分析仪、原子吸收光谱仪、全自动薄层扫描仪、原子荧光光谱仪、全自动生化分析仪、多导生理记录仪、心脑血管功能测定仪、荧光显微镜、超临界CO2提取仪、冷冻干燥及各类制剂等先进仪器设备。这都为药学院的教学和科研提供了良好的基础条件和先进的研究手段，为把药学院各学科的研究推向国际药学研究的前沿奠定了良好基础。
为了使教学、科研与国际接轨，提高人才培养质量，实现学校提出的建成“国际著名，国内一流”学校的目标，学院与国内外多所大学有着广泛的学术交流和合作研究，多年来与英国伦敦大学、加拿大多伦多大学、阿尔伯塔大学、美国南加州大学、日本国立富山医科药科大学、熊本大学、大阪大学，香港大学、香港科技大学、澳门大学、澳门科技大学、北京大学、清华大学、浙江大学、南京大学、上海第二军医大学等国内外知名大学和科研机构建立了长期稳定的协作关系和教学科研基地。同时还在全国有关中药制药企业、研究院所、药检所、医院等70多家单位建立了教学实习基地。教学、科研和科技成果转化总体实力位居全国同类院校前列。近三年来，学生的科研、实践能力也得到了充分锻炼和提高，在学校举行的“大学生科技创新大赛”中，药学院连续三年夺得校“科创杯”，“中药ST纳米球的研制”作品获得全国大学生“挑战杯”比赛二等奖。
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