北京协和医学院设有十二个学院含有解生物化学系、生理学系、药物学系、病理学系、细菌学免疫学系、内科学系、小儿科、皮肤科、梅毒科、神经精神病科、外科学系、产科学系、眼科学系、放射学系、公共卫生学系等学院。
北京协和医学院核心专业设置有:高等数学、物理学、化学、生物学、英语、人体解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、微生物学、免疫学、病理解剖学、药理学、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、神经病学精神病学、科研训练、人体生物学Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ,药物治疗学,护理学基础,健康评估,护理学Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ,生长发育,沟通交流,心理学,人类发展与哲学,社区护理等几十个本科专业。
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