燕京理工学院设有十八个学院含有中医学院;第一临床医学院;第二临床医学院;中西医结合学院‘国际教育学院;研究生学院;临床学院;继续教育学院;基础课教学部;第三临床医学院;基础医学院;公共卫生学院;药学院;口腔医学院;第四临床医学院;中医临床医学院等学院。
燕京理工学院核心专业设置有:中医学、口腔医学、中药学、药物制剂、卫生检验、中西医临床医学、临床医学与医学技术、药学、中西医结合、法医学、神经病学、针灸推拿学、法医学、护理学、药学、中西医结合基础、生物化学与分子生物学、生理学、病理学、人体解剖与组织胚胎学、内科学、外科学(骨科)、麻醉学、肿瘤学、药学、预防医学、临床医学、麻醉学、医学影像学、医学检验等几十个本科专业。
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