南方医科大学设置有13个学院含有：基础医学院、生物技术学院、人文与管理学院、马克思主义学院、外国语学院、医学职业技术学院、基因工程研究所体育部、第一临床医学院、第二临床医学院、中医药学院、生物医学工程学院、药学院、护理学院、公共卫生与热带医学学院等学院 。
南方医科大学核心专业设置有：基础医学本科、临床医学（输血医学）本科、临床医学 (全科医学）本科、临床医学 (妇幼医学) 本科、临床医学（临床病理）本科、预防医学本科、预防医学(食品安全)本科、预防医学（卫生检验检疫）本科、临床医学（本硕博连读）八年制、医学影像学本科、药学、药学（药物化学）、口腔医学本科、药物制剂、中西医临床医学本科、药学（临床药学）、临床医学（卓越创新班）本科、临床医学（临床心理）本科、中医学本科、中医学（针灸推拿）本科、护理学、护理学（助产）、经济学、公共事业管理（医院管理）、市场营销（医药市场营销）、法学、法学（卫生监督与管理）、理学类 生物技术、生物信息学、应用心理学、中药学本科、统计学（生物统计）、医学检验（医学实验技术）、医学检验（临床检验）、中西医临床医学、电子信息工程、生物医学工程（医学物理师）、生物医学工程（医学仪器检测）、生物技术本科、生物技术（生物制药）、英语、商务英语、统计学、基础医学、预防医学、临床医学、医学影像学、医学检验、口腔医学、中医学、中药学、市场营销、公共事业管理、计算机科学与技术、生物医学工程、制药工程、计算机科学与技术（动漫设计与制作）、制药工程（中药）、康复治疗学、生物医学工程（生物信息工程）、生物医学工程（医学影像工程）、等专业学科。
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