福建农林大学设有二十六个学院含有机电工程学院；交通与土木工程学院；管理学院；旅游学院(合署)；生命科学学院；动物科学学院；蜂学学院；园艺学院；马克思主义学院；MPA教育中心；资源与环境学院；食品科学学院；材料工程学院；计算机与信息学院；机电工程学院；交通与土木工程学院；管理学院；旅游学院(合署)；公共管理学院学院；林学院；计算机与信息学院；研究生学院；艺术学院；园林学院(合署)；安溪茶学院；海外学院 留学预科学院(合署)；成人教育学院；远程教育学院(合署)；MBA教育中心；作物科学学院；植物保护学院等学院。
福建农林大学核心专业设置有：计算机科学与技术、车辆工程、生物科学、生物技术、统计学、信息与计算科学、数学与应用数学、生物信息学、应用化学、新能源科学与工程、森林工程、电气工程与自动化、环境工程、电子科学与技术、城市规划、土木工程、化学工程与工艺、制药工程、交通运输、轻化工程、食品质量与安全、木材科学与工程、网络工程、环境生态类（中外合作办学）、微生物学、植物保护、林学、森林资源与保护游憩、园林、水土保持与荒漠化防治、农业资源与环境、动物科学、动物医学、植物生产类（中外）、环境生态类（中外）、农学、蜂学、园艺、茶学、设施农业科学与工程、水产养殖学、植物生产类（中外合作办学）、金融学、国际经济与贸易、经济学、经济学、公共管理、农村区域发展、交通工程、交通运输、风景园林、软件工程、机械、电子信息工程、食品科学与工程、材料科学与工程、工商管理、旅游管理、人力资源管理、行政管理、农林经济管理、会计学、工程管理、工业工程、工商管理、物流管理、公共事业管理、劳动与社会保障、土地资源管理、文化产业管理、法学、资源环境与城乡规划管理、电子信息科学与技术、生态学、数学、生物科学、生物学基地班、生物安全、英语、广告学、空间信息与数字技术、种子科学与工程、森林资源保护与游憩、中药资源与开发、生物工程、电气信息、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化等几十个本科专业。
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